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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2flh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cytokinin-specific binding protein from mung bean in complex with cytokinin | ||||||
要素 | cytokinin-specific binding protein | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN (植物) / cytokinins / zeatin (ゼアチン) / pathogenesis-related proteins (感染特異的タンパク質) / multiple-ligand binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gibberellin binding / cytokinin binding / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vigna radiata (リョクトウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plant Cell / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of Vigna radiata Cytokinin-Specific Binding Protein in Complex with Zeatin. 著者: Pasternak, O. / Bujacz, G.D. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Jelen, F. / Otlewski, J. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of mung bean cytokinin-specific binding protein 著者: Bujacz, G. / Pasternak, O. / Fujimoto, Y. / Hashimoto, Y. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998 タイトル: Purification and cDNA cloning of cytokinin-specific binding protein from mung bean (Vigna radiata) 著者: Fujimoto, Y. / Nagata, R. / Fukasawa, H. / Yano, K. / Azuma, M. / Iida, A. / Sugimoto, S. / Shudo, K. / Hashimoto, Y. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine 著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Structure of a yellow lupine pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass 著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M. #5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy. 著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / van Neerven, R.J.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangford, M.D. | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN The het group ZEA is also known as (E)-6-(4-HYDROXY-3- METHYL-BUT-2-ENYLAMINO)PURINE | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE According to authors, there is an error in the GB entry GB 4190976 at position 92 (Asn ...SEQUENCE According to authors, there is an error in the GB entry GB 4190976 at position 92 (Asn instead of Ser) |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2flh.cif.gz | 299 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2flh.ent.gz | 242.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2flh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2flh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2flh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17612.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vigna radiata (リョクトウ) / 遺伝子: vrcsbp / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 4190976, UniProt: A0A1S3THR8*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-ZEA / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / pH: 7.5 詳細: sodium citrate, HEPES, zeatin, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.844, 1.2547, 1.2580, 1.2703 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月15日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.2→30 Å / Num. obs: 189769 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 19.7 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 93.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS. H ATOMS AT RIDING POSITIONS. SEVERAL RESIDUES COULD NOT BE MODELED AT THE C-TERMINI (152-155 IN A, 154-155 IN B, 153-155 IN C, 155 IN A) AND IN ONE LOOP ...詳細: ANISOTROPIC DISPLACEMENT PARAMETERS. H ATOMS AT RIDING POSITIONS. SEVERAL RESIDUES COULD NOT BE MODELED AT THE C-TERMINI (152-155 IN A, 154-155 IN B, 153-155 IN C, 155 IN A) AND IN ONE LOOP OF MOLECULE A (123-129). LONG SIDE CHAINS OF SOME SURFACE RESIDUES WERE POORLY VISIBLE IN ELECTRON DENSITY MAPS AND WERE MODELED WITH 0.0 OCCUPANCY
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→15 Å
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拘束条件 |
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