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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ffn | ||||||
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タイトル | The E41Q mutant of tetraheme cytochrome c3 from Desulfovibrio Vulgaris Miyazaki F | ||||||
要素 | Cytochrome c3 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / cytochrome c3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Higuchi, Y. / Komori, H. / Morita, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: BIOPHYSICS(BSJ) / 年: 2006 タイトル: Roles of charged residues in pH-dependent redox properties of cytochrome c3 from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F 著者: Yahata, N. / Ozawa, K. / Tomimoto, Y. / Morita, K. / Komori, H. / Ogata, H. / Higuchi, Y. / Akutsu, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ffn.cif.gz | 38.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ffn.ent.gz | 30.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ffn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/2ffn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11558.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: Miyazaki / 属 (発現宿主): Shewanella / 発現宿主: Shewanella (シェワネラ属) / 参照: UniProt: P00132 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: MPD 60%, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 11870 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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