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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f2d | ||||||
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タイトル | Solution structure of the FK506-binding domain of human FKBP38 | ||||||
要素 | 38 kDa FK-506 binding protein homolog, FKBP38 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / beta half-barrel / PPIase (プロリルイソメラーゼ) / immunophilin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuron fate specification / regulation of autophagy of mitochondrion / dorsal/ventral neural tube patterning / protein localization to mitochondrion / positive regulation of BMP signaling pathway / mitochondrial envelope / camera-type eye development / smoothened signaling pathway / 細胞内膜系 / BMP signaling pathway ...neuron fate specification / regulation of autophagy of mitochondrion / dorsal/ventral neural tube patterning / protein localization to mitochondrion / positive regulation of BMP signaling pathway / mitochondrial envelope / camera-type eye development / smoothened signaling pathway / 細胞内膜系 / BMP signaling pathway / protein folding chaperone / negative regulation of protein phosphorylation / プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ミトコンドリア / multicellular organism growth / disordered domain specific binding / フォールディング / 遺伝子発現の調節 / calmodulin binding / Ub-specific processing proteases / intracellular signal transduction / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / 小胞体 / protein-containing complex / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, energy minimization | ||||||
データ登録者 | Maestre-Martinez, M. / Edlich, F. / Jarczowski, F. / Weiwad, M. / Fischer, G. / Luecke, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2006 タイトル: Solution Structure of the FK506-Binding Domain of Human FKBP38 著者: Maestre-Martinez, M. / Edlich, F. / Jarczowski, F. / Weiwad, M. / Fischer, G. / Luecke, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2f2d.cif.gz | 713.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2f2d.ent.gz | 618 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2f2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/2f2d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13067.957 Da / 分子数: 1 / 断片: FK506-binding domain, residues 35-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP8, FKBP38 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q14318 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM sodium phosphate / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, energy minimization ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are based on 1585 NOE-derived distants restraints | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |