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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2enu | ||||||
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タイトル | Mutant L121M structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Shimizu, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Mutant L121M structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 著者: Shimizu, K. / Matsuura, Y. / Ono, N. / Nakamoto, T. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2enu.cif.gz | 88.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2enu.ent.gz | 66.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2enu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/2enu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/2enu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1v37S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19646.504 Da / 分子数: 2 / 変異: L121M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53WB3, adenosylcobalamin/alpha-ribazole phosphatase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.29 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.3 詳細: 2.75M Na Chlor, 0.1M Tris, pH 8.3, Microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月9日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 47924 / Num. obs: 47924 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 16.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1V37 解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2075248.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.3941 Å2 / ksol: 0.374365 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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