+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2eeg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution Structure of PDZ domain of PDZ and LIM domain protein | ||||||
要素 | PDZ and LIM domain protein 4 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / pdz domain (PDZドメイン) / pdz and lim domain / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 recycling endosome lumen / muscle structure development / excitatory chemical synaptic transmission / muscle alpha-actinin binding / filamentous actin / alpha-actinin binding / stress fiber / early endosome lumen / 接着結合 / Z disc ...recycling endosome lumen / muscle structure development / excitatory chemical synaptic transmission / muscle alpha-actinin binding / filamentous actin / alpha-actinin binding / stress fiber / early endosome lumen / 接着結合 / Z disc / recycling endosome membrane / lamellipodium / actin binding / heart development / actin cytoskeleton organization / early endosome membrane / postsynaptic membrane / protein phosphatase binding / 樹状突起スパイン / 細胞骨格 / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Niraula, T.N. / Tomizawa, T. / Koshiba, K. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Solution Structure of PDZ domain of PDZ and LIM domain protein 著者: Niraula, T.N. / Tomizawa, T. / Koshiba, K. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2eeg.cif.gz | 512.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2eeg.ent.gz | 448.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2eeg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/2eeg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/2eeg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9604.780 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: PDLIM4 / プラスミド: P050627-04 / 参照: UniProt: P50479 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | 内容: 2.64mM PDZ domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D20, 90% H2O 溶媒系: 10% D20, 90% H2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |