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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ed0 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the SH3 domain of Abl interactor 2 (Abelson interactor 2) | ||||||
要素 | Abl interactor 2 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Coiled coil (コイルドコイル) / Cytoskeleton (細胞骨格) / Nuclear protein / Phosphorylation (リン酸化) / SH3 domain (SH3ドメイン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SCAR complex / zonula adherens assembly / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / lens fiber cell morphogenesis / filopodium tip / cytoskeletal anchor activity / regulation of dendritic spine morphogenesis / actin polymerization or depolymerization / proline-rich region binding / Rac protein signal transduction ...SCAR complex / zonula adherens assembly / positive regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / lens fiber cell morphogenesis / filopodium tip / cytoskeletal anchor activity / regulation of dendritic spine morphogenesis / actin polymerization or depolymerization / proline-rich region binding / Rac protein signal transduction / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of lamellipodium assembly / signaling adaptor activity / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / FCGR3A-mediated phagocytosis / 接着結合 / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / kinase binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / 遊走 / lamellipodium / nervous system development / 樹状突起スパイン / 細胞骨格 / ubiquitin protein ligase binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Abe, H. / Tochio, N. / Miyamoto, K. / Saito, K. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the SH3 domain of Abl interactor 2 (Abelson interactor 2) 著者: Abe, H. / Tochio, N. / Miyamoto, K. / Saito, K. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ed0.cif.gz | 441 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ed0.ent.gz | 385.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ed0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/2ed0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/2ed0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8433.171 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: ABI2 / プラスミド: P050704-12 / 参照: UniProt: Q9NYB9 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.73mM Protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |