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万見
- PDB-2eci: Solution structure of the RING domain of the human TNF receptor-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eci
タイトルSolution structure of the RING domain of the human TNF receptor-associated factor 6 protein
要素TNF receptor-associated factor 6TRAF6
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / TNF receptor-associated factor 6 / TRAF6 / RING domain / zinc-binding domain / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily binding / protein kinase B binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / interleukin-17-mediated signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex ...tumor necrosis factor receptor superfamily binding / protein kinase B binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / interleukin-17-mediated signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / myeloid dendritic cell differentiation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / Regulated proteolysis of p75NTR / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of immunoglobulin production / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / interleukin-1-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / T-helper 1 type immune response / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / activation of protein kinase activity / odontogenesis of dentin-containing tooth / non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein K63-linked ubiquitination / cellular response to cytokine stimulus / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / canonical NF-kappaB signal transduction / protein autoubiquitination / positive regulation of JUN kinase activity / bone resorption / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of T cell proliferation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of interleukin-2 production / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / NRIF signals cell death from the nucleus / positive regulation of interleukin-12 production / NF-kB is activated and signals survival / lipid droplet / response to interleukin-1 / 骨化 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / osteoclast differentiation / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of NF-kappa B signaling / neural tube closure / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / RING-type E3 ubiquitin transferase / NOD1/2 Signaling Pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of T cell cytokine production / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / positive regulation of interleukin-6 production / histone deacetylase binding / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Ovarian tumor domain proteases / Downstream TCR signaling / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / 細胞皮質 / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / : / TRAF/meprin, MATH domain ...TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / 薬指 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Miyamoto, K. / Sato, M. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the RING domain of the human TNF receptor-associated factor 6 protein
著者: Miyamoto, K. / Sato, M. / Koshiba, S. / Watanabe, S. / Harada, T. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7463
ポリマ－9,6151
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations, target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 6 / TRAF6 / Interleukin 1 signal transducer / RING finger protein 85


分子量: 9614.990 Da / 分子数: 1 / 断片: RING domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: TRAF6 / プラスミド: P060613-08 / 参照: UniProt: Q9Y4K3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.08mM RING domain U-13C, 15N; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZNCl2; 1.0mM IDA; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 120 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe20031121Delaglio, F.解析
NMRView5.0.4Johnson, B. A.データ解析
KUJIRA0.982Kobayashi, N.データ解析
CYANA2.0.17Guntert, P.構造決定
CYANA2.0.17Guntert, P.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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