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万見
- PDB-2ea2: h-MetAP2 complexed with A773812 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ea2
タイトルh-MetAP2 complexed with A773812
要素Methionine aminopeptidase 2メチオニルアミノペプチダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Protein-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F77 / : / Methionine aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Park, C.H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Lead optimization of methionine aminopeptidase-2 (MetAP2) inhibitors containing sulfonamides of 5,6-disubstituted anthranilic acids
著者: Wang, G.T. / Mantei, R.A. / Kawai, M. / Tedrow, J.S. / Barnes, D.M. / Wang, J. / Zhang, Q. / Lou, P. / Garcia, L.A. / Bouska, J. / Yates, M. / Park, C. / Judge, R.A. / Lesniewski, R. / Sheppard, G.S. / Bell, R.L.
履歴
登録2007年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8174
ポリマ－41,3701
非ポリマー4473
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.721, 99.060, 100.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 2 / メチオニルアミノペプチダーゼ / MetAP 2 / Peptidase M 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67 / p67eIF2


分子量: 41370.004 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 110-478 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50579, メチオニルアミノペプチダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-F77 / 3-ETHYL-6-{[(4-FLUOROPHENYL)SULFONYL]AMINO}-2-METHYLBENZOIC ACID / 3-ETHYL-6-(4-FLUORO-BENZENESULFONYLAMINO)-2-METHYL-BENZOIC ACID


分子量: 337.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16FNO4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20-30 % isopropanol, 0.1M Na citrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月12日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 15848 / Num. obs: 15352 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 1560 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YW7

1yw7


解像度: 2.5→16.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 241860.87 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1467 10.2 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.203 14361 90.7 %-
all-15848 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.3338 Å2 / ksol: 0.362446 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å20 Å20 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----2.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.26 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→16.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 0 25 291 3211
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it0.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it0.522.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 111 9.2 %
Rwork0.214 1093 -
obs-1560 77.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2a77.parama77.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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