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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dps | ||||||
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タイトル | Structure of Leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase | ||||||
要素 | Leucyl/phenylalanyl-tRNA--protein transferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Aminoacyl-tRNA-protein transferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine/arginine leucyltransferase / leucyl-tRNA--protein transferase activity / aminoacyltransferase activity / protein catabolic process / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Suto, K. / Shimizu, Y. / Tomita, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: Crystal structures of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase and its complex with an aminoacyl-tRNA analog 著者: Suto, K. / Shimizu, Y. / Watanabe, K. / Ueda, T. / Fukai, S. / Nureki, O. / Tomita, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dps.cif.gz | 102.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dps.ent.gz | 78.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dps.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/2dps ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/2dps | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28822.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8P1, lysine/arginine leucyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 % |
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結晶化 | 温度: 297.3 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 50mM HEPES, 0.2M tri-sodium citrate, 17%(v/v) polyethyleneglycol 3550, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.3K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.36→50 Å / Num. all: 24541 / Num. obs: 24237 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 19.5 / Observed criterion σ(I): 26.7 / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.296 / % possible all: 92.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→28.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1462581.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.4254 Å2 / ksol: 0.333803 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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