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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d8j | ||||||
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タイトル | Solution structure of the SH3 domain of Fyn-related kinase | ||||||
要素 | fyn-related kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / SH3 domain (SH3ドメイン) / Fyn-related kinase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of PTEN stability and activity / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase activity / 細胞分化 / リン酸化 / signaling receptor binding ...Regulation of PTEN stability and activity / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / protein tyrosine kinase activity / 細胞分化 / リン酸化 / signaling receptor binding / 自然免疫系 / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Qin, X.R. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Solution structure of the SH3 domain of Fyn-related kinase 著者: Qin, X.R. / Kurosaki, C. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d8j.cif.gz | 437 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d8j.ent.gz | 381.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8333.002 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: FrK / プラスミド: P050425-22 参照: GenBank: 31542823, UniProt: Q922K9*PLUS, EC: 2.7.1.112 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.17mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: JEOL ECA / 製造業者: JEOL / モデル: ECA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |