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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d8e | ||||||
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タイトル | Structure of Chorismate Mutase (Form II) from Thermus Thermophilus HB8 | ||||||
要素 | phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase/chorismate mutase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Chorismate Mutase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of Chorismate Mutase from Thermus Thermophilus HB8 著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d8e.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d8e.ent.gz | 20.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d8e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/2d8e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10738.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / 遺伝子: AROAG / プラスミド: pET 11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q72LN8, UniProt: Q5SLA5*PLUS, chorismate mutase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.36 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 4K 27.5w/w(%), MES 0.1M, NaOH, Ca Chloride 0.01M, pH 6.2, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月23日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→40 Å / Num. all: 7950 / Num. obs: 7933 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 19.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 685 / % possible all: 87.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2D8D 解像度: 1.75→28.84 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.04
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