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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cwb | ||||||
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タイトル | Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin | ||||||
要素 | Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7 | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / HELICAL BUNDLE (ヘリックスバンドル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgG binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / molecular adaptor activity / 自然免疫系 / extracellular region / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus sp. group G (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Chang, Y.G. / Song, A.X. / Gao, Y.G. / Shi, Y.H. / Lin, X.J. / Cao, X.T. / Lin, D.H. / Hu, H.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006 タイトル: Solution structure of the ubiquitin-associated domain of human BMSC-UbP and its complex with ubiquitin. 著者: Chang, Y.G. / Song, A.X. / Gao, Y.G. / Shi, Y.H. / Lin, X.J. / Cao, X.T. / Lin, D.H. / Hu, H.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cwb.cif.gz | 152.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cwb.ent.gz | 129.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 11908.023 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL UBA DOMAIN,C-TERMINAL UBA DOMAIN / 変異: I12A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: A solubility-enhancement tag (SET) GB1, immunoglobulin G binding domain 1 of Streptococcal protein G, was used to enhance the solubility of the UBA domain of BMSC-UbP. The sequence of the ...詳細: A solubility-enhancement tag (SET) GB1, immunoglobulin G binding domain 1 of Streptococcal protein G, was used to enhance the solubility of the UBA domain of BMSC-UbP. The sequence of the chimerical HGB1-UBA is as follows:MHHHHHHQYKLALNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTEGSQWQPQLQQLRDMGIQDDELSLRALQATGGDIQAALELIFAGGAP.,A solubility-enhancement tag (SET) GB1, immunoglobulin G binding domain 1 of Streptococcal protein G, was used to enhance the solubility of the UBA domain of BMSC-UbP. The sequence of the chimerical HGB1-UBA is as follows:MHHHHHHQYKLALNGKTLKGETTTEAVDAATAEKVFKQYANDNGVDGEWTYDDATKTFTVTEGSQWQPQLQQLRDMGIQDDELSLRALQATGGDIQAALELIFAGGAP. 由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 属: Streptococcus, Homoレンサ球菌 / 生物種: , / 遺伝子: spg, UBL7, BMSCUBP, SB132 / プラスミド: pHGB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06654, UniProt: Q96S82 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. |
-試料調製
詳細 | 内容: 1mM HGB1-UBA U-15N,13C; 20mM phosphate buffer; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |