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- PDB-2cua: THE CUA DOMAIN OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cua
タイトルTHE CUA DOMAIN OF CYTOCHROME BA3 FROM THERMUS THERMOPHILUS
要素PROTEIN (CUA)
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / CUA CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムcオキシダーゼ / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / copper ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Ba3-like heme-copper oxidase subunit II, C-terminal / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DINUCLEAR COPPER ION / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Williams, P.A. / Blackburn, N.J. / Sanders, D. / Bellamy, H. / Stura, E.A. / Fee, J.A. / Mcree, D.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The CuA domain of Thermus thermophilus ba3-type cytochrome c oxidase at 1.6 A resolution.
著者: Williams, P.A. / Blackburn, N.J. / Sanders, D. / Bellamy, H. / Stura, E.A. / Fee, J.A. / McRee, D.E.
履歴
登録1999年2月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CUA)
B: PROTEIN (CUA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0186
ポリマ－29,6332
非ポリマー3854
水3,351186
1
A: PROTEIN (CUA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0093
ポリマ－14,8171
非ポリマー1932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (CUA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0093
ポリマ－14,8171
非ポリマー1932
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.900, 70.600, 53.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.0579, -0.444, -0.8942), (0.1911, -0.8742, 0.4465), (-0.9799, -0.1967, 0.0342)
ベクター: 10.766, 11.205, 39.655)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CUA)


分子量: 14816.730 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE CUA-CONTAINING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P98052, シトクロムcオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE CUA CENTER COMPRISES TWO CU ATOMS DIRECTLY BONDED, ONE IS FORMALLY 1+ AND THE OTHER 2+ ZINC ...THE CUA CENTER COMPRISES TWO CU ATOMS DIRECTLY BONDED, ONE IS FORMALLY 1+ AND THE OTHER 2+ ZINC AIDED CRYSTALLISATION
配列の詳細THE PROTEIN CRYSTALLISED COMPRISED RESIDUES 34-168 ALONE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2-20% MPEG 5K 100MM NA CACODYLATE PH 6.5 1MM ZNCL2
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度単位一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2-20 %mPEG500011
2100 mMsodium cacodylate11
3mM11ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 1.5498,1.3799,1.3780,1.3050,1.0
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54981
21.37991
31.3781
41.3051
511
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 30110 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 73.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 119934
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL-97精密化
XTALVIEW精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Num. parameters: 8752 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: N TERMINUS MAY BE IN A NON-NATIVE CONFORMATION DETERMINED BY THE CRYSTAL PACKING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2965 -5 %5%
all0.2264 28069 --
obs0.2265 -88.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1978 0 6 186 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.338
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.046
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.083
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.296
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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