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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cth | |||||||||
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タイトル | CYTOCHROME C3 FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS HILDENBOROUGH | |||||||||
要素 | CYTOCHROME C3 | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Simoes, P. / Matias, P.M. / Morais, J. / Wilson, K. / Dauter, Z. / Carrondo, M.A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 1998 タイトル: Refinement of the Three-Dimensional Structures of Cytochromes C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.67 Angstrom Resolution and from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at ...タイトル: Refinement of the Three-Dimensional Structures of Cytochromes C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.67 Angstrom Resolution and from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 at 1.6 Angstrom Resolution 著者: Simoes, P. / Matias, P.M. / Morais, J. / Wilson, K. / Dauter, Z. / Carrondo, M.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Structure Analysis of Cytochrome C3 from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough at 1.9 A Resolution 著者: Matias, P.M. / Frazao, C. / Morais, J. / Coll, M. / Carrondo, M.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cth.cif.gz | 62.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cth.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/2cth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/2cth | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2cdvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11687.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア) 生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 参照: UniProt: P00131 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 % |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 75% (V/V) ETHANOL AND 0.05 M SODIUM ACETATE (PH 5.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.67→25.3 Å / Num. obs: 28861 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.265 / % possible all: 89.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CDV 解像度: 1.67→8 Å / Num. parameters: 8266 / Num. restraintsaints: 30043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.67→8 Å
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拘束条件 |
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