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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2crg | ||||||
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タイトル | Solution structure of the myb-like DNA-binding domain of mouse MTA3 protein | ||||||
要素 | Metastasis associated protein MTA3 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / transcription factor (転写因子) / helix turn helix / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / HDACs deacetylate histones / Regulation of PTEN gene transcription / : / NuRD complex / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / sequence-specific DNA binding ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / HDACs deacetylate histones / Regulation of PTEN gene transcription / : / NuRD complex / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Endo, H. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Solution structure of the myb-like DNA-binding domain of mouse MTA3 protein 著者: Endo, H. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2crg.cif.gz | 419.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2crg.ent.gz | 367.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2crg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2crg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2crg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8081.861 Da / 分子数: 1 / 断片: Myb_DNA_binding (residues 1-70) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: Mta3 / プラスミド: P041213-14 / 参照: UniProt: Q924K8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.07mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120 mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |