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万見
- PDB-2cf8: Complex of recombinant human thrombin with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cf8
タイトルComplex of recombinant human thrombin with an inhibitor
要素
  • HIRUDIN IIIA
  • THROMBIN HEAVY CHAINトロンビン
  • THROMBIN LIGHT CHAINトロンビン
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE/INHIBITOR / ACUTE PHASE (急性期タンパク質) / BLOOD COAGULATION (凝固・線溶系) / CALCIUM-BINDING / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / HYDOLASE / SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / SERINE PROTEASE INHIBITOR COMPLEX (セルピン) / COMPLEX HYDROLASE-INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin ...positive regulation of lipid kinase activity / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / トロンビン / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of platelet activation / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / negative regulation of proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / 凝固・線溶系 / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 凝固・線溶系 / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Thrombin inhibitor hirudin / ヒルジン / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle ...Thrombin inhibitor hirudin / ヒルジン / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-terminal Asp des-amino Hirudin-3A / Chem-ESH / トロンビン / Hirudin-3A'
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
HIRUDO MEDICINALIS (医用ビル)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Schweizer, E. / Hoffmann-Roeder, A. / Olsen, J.A. / Obst-Sander, U. / Wagner, B. / Kansy, M. / Banner, D.W. / Diederich, F.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Multipolar Interactions in the D Pocket of Thrombin: Large Differences between Tricyclic Imide and Lactam Inhibitors.
著者: Schweizer, E. / Hoffmann-Roeder, A. / Olsen, J.A. / Seiler, P. / Obst-Sander, U. / Wagner, B. / Kansy, M. / Banner, D.W. / Diederich, F.
履歴
登録2006年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32013年8月7日Group: Derived calculations / Other
改定 1.42013年10月23日Group: Other
改定 1.52017年3月29日Group: Structure summary
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "HB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "HB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY A 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: THROMBIN HEAVY CHAIN
I: HIRUDIN IIIA
L: THROMBIN LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8086
ポリマ－34,2943
非ポリマー5143
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-21.6 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.070, 71.510, 72.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-2050-

HOH

21H-2120-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 H

#1: タンパク質 THROMBIN HEAVY CHAIN / トロンビン


分子量: 29594.055 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC, RESIDUES 364-620 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): OVARY
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00734, トロンビン

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 IL

#2: タンパク質・ペプチド HIRUDIN IIIA


タイプ: Oligopeptideオリゴペプチド
クラス: 抗凝固薬抗凝固薬, Antithrombotic抗血栓薬
分子量: 1396.450 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINUS, RESIDUES 55-65 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HIRUDO MEDICINALIS (医用ビル)
参照: UniProt: P28508, N-terminal Asp des-amino Hirudin-3A
#3: タンパク質・ペプチド THROMBIN LIGHT CHAIN / トロンビン


分子量: 3303.715 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 334-361 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): OVARY
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00734, トロンビン

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非ポリマー , 4種, 400分子

#4: 化合物 ChemComp-ESH / 4- [(1R,3AS,4R,8AS,8BR)- 2- (4-CHLOROBENZYL)- 1- ISOPROPYL- 3- OXODECAHYDROPYRROLO[3,4- A]PYRROLIZIN- 4- YL]BENZENECARBOXIMIDAMIDE / (3aα,3bβ,7aα)-3α-イソプロピル-2-(4-クロロベンジル)-7β-(4-アミジノフェニル)デカヒドロ-(以下略)


分子量: 451.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H31ClN4O
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: PH 7.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97001
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 85919 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.58 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.08 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1OYT

1oyt


解像度: 1.3→71.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.577 / SU ML: 0.034 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE SIDE CHAIN OF ARG 75 HAS ALTERNATIVE CONFORMATIONS, ONE OF WHICH IS ON A DIAD AXIS. IT HAS NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 4308 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.181 81614 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.71 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→71.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2301 0 34 397 2732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222462
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9853339
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0665294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.05423.363113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.16615435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2041520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.21430
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0410.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.320.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.51455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33222355
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95731056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7014.5984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.299 288
Rwork0.261 5678
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5253-0.69190.471.9467-0.70052.5848-0.0092-0.0835-0.04630.07010.02080.139-0.1132-0.2198-0.0117-0.14290.04070.0192-0.1313-0.0134-0.0836-0.10210.69824.503
21.498-0.80220.19921.4295-0.27330.98820.08650.1038-0.0805-0.0783-0.07130.04210.06010.0555-0.0152-0.14140.0195-0.0033-0.1417-0.016-0.110714.167-0.88619.895
312.6295.089-5.796211.67877.630912.97720.26010.436-0.0696-0.7144-0.1741-0.52230.1473-0.0795-0.08590.0550.0913-0.03550.1102-0.0750.03458.15-4.78-1.552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2H16 - 245
3X-RAY DIFFRACTION3I1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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