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万見
- PDB-2cbd: STRUCTURE OF NATIVE AND APO CARBONIC ANHYDRASE II AND SOME OF ITS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cbd
タイトルSTRUCTURE OF NATIVE AND APO CARBONIC ANHYDRASE II AND SOME OF ITS ANION-LIGAND COMPLEXES
要素CARBONIC ANHYDRASE II炭酸脱水酵素
キーワードLYASE(OXO-ACID)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase ...炭酸脱水酵素 / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFITE ION / Carbonic anhydrase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Hakansson, K. / Carlsson, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of native and apo carbonic anhydrase II and structure of some of its anion-ligand complexes.
著者: Hakansson, K. / Carlsson, M. / Svensson, L.A. / Liljas, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of Cobalt Carbonic Anhydrase Complexed with Bicarbonate
著者: Hakansson, K. / Wehnert, A.
履歴
登録1992年6月1日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET SHEET B1 OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET ...SHEET SHEET B1 OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS *B1A* AND *B1B* ARE DEFINED. STRANDS 5, 6, 7, 8, 9, AND 10 OF B1A ARE IDENTICAL TO STRANDS 2, 3, 4, 5, 6, AND 7 OF B1B, RESPECTIVELY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3293
ポリマ－29,1841
非ポリマー1452
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.700, 41.700, 73.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 4, 14, 64, AND 136 ARE DISORDERED AND ARE PRESENTED WITH TWO ALTERNATE CONFORMATIONS IN THIS ENTRY.
2: RESIDUES 30 AND 202 ARE CIS PROLINES.

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要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE II / 炭酸脱水酵素


分子量: 29183.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン / Sulfite


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CARBONIC ANHYDRASE CONTAINS ONE ZINC ION PER POLYPEPTIDE CHAIN, WITH RESIDUE NUMBER 262 AND A ...CARBONIC ANHYDRASE CONTAINS ONE ZINC ION PER POLYPEPTIDE CHAIN, WITH RESIDUE NUMBER 262 AND A BISULFITE ANION WITH RESIDUE NUMBER 500.
配列の詳細RESIDUES 125 AND 127 ARE ADJACENT IN THE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.4 Mammonium sulfate11
250 mMTris-HCl11
31 mM11HgCl2

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.67 Å / 最低解像度: 3.04 Å / Num. all: 29292 / Num. obs: 26190 / % possible obs: 89.4 % / Num. measured all: 71794 / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.67 Å / 最低解像度: 1.78 Å / % possible obs: 89.4 % / Num. possible: 4835 / Num. unique obs: 2540 / Num. measured obs: 4080 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 43.8

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解析

ソフトウェア名称: PROFFT / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.67→10 Å /
Rfactor反射数
obs0.152 26190
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2059 0 5 217 2281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0490.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.051
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6891.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2611.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.5752
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2340.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1590.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1590.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.1440.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor30.420
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.67 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 26190 / Rfactor obs: 0.152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 15.4 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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