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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2c1u | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DI-HAEM CYTOCHROME C PEROXIDASE FROM PARACOCCUS PANTOTROPHUS - OXIDISED FORM | ||||||
要素 | DI-HAEM CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / HEME (ヘム) / PERIPLASMIC (ペリプラズム) / PEROXIDASE (ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / HEME C 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Echalier, A. / Fulop, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Activation and Catalysis of the Di-Heme Cytochrome C Peroxidase from Paracoccus Pantotrophus 著者: Echalier, A. / Goodhew, C.F. / Pettigrew, G.W. / Fulop, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2c1u.cif.gz | 280.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2c1u.ent.gz | 228.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2c1u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/2c1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c1/2c1u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36326.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PARACOCCUS PANTOTROPHUS (バクテリア) / 参照: シトクロムcペルオキシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-HEC / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: ECHALER ET AL., (2004). ACTA CRYST. D60, 331-333., pH 8.20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 85916 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E7B 解像度: 1.95→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 8.164 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→29.88 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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