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- PDB-2bb2: X-RAY ANALYSIS OF BETA B2-CRYSTALLIN AND EVOLUTION OF OLIGOMERIC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bb2
タイトルX-RAY ANALYSIS OF BETA B2-CRYSTALLIN AND EVOLUTION OF OLIGOMERIC LENS PROTEINS
要素BETA B2-CRYSTALLIN
キーワードEYE LENS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / 視覚 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
クリスタリン / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Beta-crystallin B2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bax, B. / Lapatto, R. / Nalini, V. / Driessen, H. / Lindley, P.F. / Mahadevan, D. / Blundell, T.L. / Slingsby, C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: X-ray analysis of beta B2-crystallin and evolution of oligomeric lens proteins.
著者: Bax, B. / Lapatto, R. / Nalini, V. / Driessen, H. / Lindley, P.F. / Mahadevan, D. / Blundell, T.L. / Slingsby, C.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization of a New Form of the Eye Lens Protein Beta B2-Crystallin
著者: Bax, B. / Slingsby, C.
履歴
登録1992年9月21日-
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8973
ポリマ－20,7411
非ポリマー1562
水1,65792
1
A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子

A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子

A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子

A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,58912
ポリマ－82,9644
非ポリマー6258
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
手法PQS
2
A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子

A: BETA B2-CRYSTALLIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7956
ポリマ－41,4822
非ポリマー3134
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area4760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.800, 83.600, 109.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: SG SEO 22 IS BONDED TO SG CYS 22. / 2: RESIDUE 41 IS A CIS PROLINE. / 3: SG SEO 50 IS BONDED TO SG CYS 50.

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要素

#1: タンパク質 BETA B2-CRYSTALLIN


分子量: 20741.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02522
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.22 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 mg/mlprotein 1drop
20.05 MTris-acetate1drop
31 mMdithiothreitol1drop
40.02 %(w/v)sodium azide1drop
535 %(v/v)methanepentanediol1reservoir
618 mMcalcium acetate1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 18000 / Rmerge(I) obs: 0.063

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.186 / Rfactor obs: 0.186 / 最高解像度: 2.1 Å
詳細: THE ELECTRON DENSITY MAPS IN THE REGION OF RESIDUES CYS 22 AND CYS 50 (AT THE 3 SIGMA LEVEL) OF THE HIGHLY REFINED STRUCTURE OF BETA-B2 AT 2.1 A (I222 CRYSTAL FORM), SHOW ADDITIONAL DENSITY ...詳細: THE ELECTRON DENSITY MAPS IN THE REGION OF RESIDUES CYS 22 AND CYS 50 (AT THE 3 SIGMA LEVEL) OF THE HIGHLY REFINED STRUCTURE OF BETA-B2 AT 2.1 A (I222 CRYSTAL FORM), SHOW ADDITIONAL DENSITY WHICH IS INTERPRETED AS A MIXED DISULFIDE WITH BETA-MERCAPTOETHANOL OR DITHIOTHREITOL. AS BETA-MERCAPTOETHANOL FRAGMENT IS COMMON TO BOTH, A DISULFIDE BRIDGE WITH BETA-MERCAPTOETHANOL WAS MODELLED AT RESIDUES 22 AND 50 AND REFINED INTO DENSITY WITH A S-S DISTANCE OF 2.08 A. ELECTRON DENSITY FOR THE CYS 22 ADDUCT INDICATED TWO POSITIONS. THE MAJOR SITE (55% OCCUPANCY) IS A RIGHT HANDED DISULFIDE, WITH CHI 3 = 85, THE MINOR SITE (45% OCCUPANCY), IS A LEFT HANDED SPIRAL DISULFIDE, CHI 3 = -79. A RIGHT HANDED DISULFIDE, CHI 3 = 87 WAS BUILT INTO THE ELECTRON DENSITY AT CYS 50. THESE MODELS WERE SUBSEQUENTLY REFINED USING RESTRAIN. THE RESULTING CONFORMATIONS OF THE MIXED DISULFIDES WERE CONFIRMED BY CALCULATING OMIT ELECTRON DENSITY MAPS.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 8 92 1564
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.186
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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