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- PDB-2b12: Crystal structure of the protein-protein complex between F82Y cyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b12
タイトルCrystal structure of the protein-protein complex between F82Y cytochrome c and cytochrome c peroxidase
要素
  • Cytochrome c iso-1
  • Cytochrome c peroxidase, mitochondrialシトクロムcペルオキシダーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / cytochrome (シトクロム) / electron transfer (電子移動反応) / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyroptosis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to reactive oxygen species ...Pyroptosis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Respiratory electron transport / シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / シトクロムc / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Cytochrome c-like domain / Peroxidase; domain 1 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 ...Cytochrome c, class IA/ IB / Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / シトクロムc / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Cytochrome c-like domain / Peroxidase; domain 1 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / ペルオキシダーゼ / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN / Cytochrome c isoform 1 / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Kang, S.A. / Crane, B.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Effects of interface mutations on association modes and electron-transfer rates between proteins
著者: Kang, S.A. / Crane, B.R.
履歴
登録2005年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
B: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9064
ポリマ－45,6612
非ポリマー1,2452
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.789, 51.832, 183.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c peroxidase, mitochondrial / シトクロムcペルオキシダーゼ / CCP


分子量: 33571.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CCP1, CCP, CPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00431, シトクロムcペルオキシダーゼ
#2: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 12089.835 Da / 分子数: 1 / Mutation: F82Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CYC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044
#3: 化合物 ChemComp-ZNH / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING ZN


分子量: 626.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32N4O4Zn
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C / Heme C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, NaCl, BOG, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 8319 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Χ2: 2.004
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
3-3.11913.90.3777821.8211
3.11-3.2392.34.20.3017791.9041
3.23-3.3893.94.10.2378111.9551
3.38-3.5694.34.20.1897871.9741
3.56-3.7893.54.30.1777972.1231
3.78-4.0795.14.20.1568041.921
4.07-4.4896.74.30.1468562.0081
4.48-5.1298.44.50.1378562.0811
5.12-6.4499.84.90.1358971.981
6.44-30994.70.129502.181

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.1.9999精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 66.26 / SU ML: 0.507 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.538 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 449 5.4 %RANDOM
Rwork0.277 ---
all0.277 ---
obs0.277 8258 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 5.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3218 0 86 24 3328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0223411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5712.0164628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.7055400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.04924.848165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.19215563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.3861513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.022660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21343
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3311.52043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32523193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03331606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0274.51431
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.097 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.468 28
Rwork0.418 478
all-506
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2205-0.6883-1.86858.55152.17179.1557-0.54260.4908-0.9745-0.59580.487-0.8841.01420.62240.05570.2975-0.00930.1647-0.0973-0.12010.088614.2499-2.193151.7945
25.1995-0.7529-2.31292.6734-0.15596.13410.4954-0.75290.7893-0.19960.1023-0.1464-0.97230.5928-0.5977-0.1203-0.15270.1043-0.0961-0.0928-0.11483.624521.194675.4088
32.7520.3704-0.33460.3450.11970.13260.2476-0.09690.09270.00820.0299-0.215-0.06330.12-0.2776-0.2608-0.2243-0.09340.1330.1825-0.24832.551114.177468.1526
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B-4 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1B109
3X-RAY DIFFRACTION2A1 - 294
4X-RAY DIFFRACTION2A295
5X-RAY DIFFRACTION3A501 - 528
6X-RAY DIFFRACTION3B525 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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