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- PDB-2awi: Structure of PrgX Y153C mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2awi
タイトルStructure of PrgX Y153C mutant
要素PrgX
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Repressor (リプレッサー) / pheromone (フェロモン) / DNA binding (デオキシリボ核酸) / regulatory domain
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #400 / HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / ヘリックスターンヘリックス / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #400 / HTH-type transcriptional regulator Rgg, C-terminal domain / Transcription activator MutR, C-terminal / ヘリックスターンヘリックス / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / lambda repressor-like DNA-binding domains / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pheromone cCF10 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Shi, K. / Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Kozlowicz, B.k. / Dunny, G.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure of peptide sex pheromone receptor PrgX and PrgX/pheromone complexes and regulation of conjugation in Enterococcus faecalis.
著者: Shi, K. / Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Kozlowicz, B.K. / Dunny, G.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.
履歴
登録2005年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PrgX
B: PrgX
C: PrgX
D: PrgX
E: PrgX
F: PrgX
G: PrgX
H: PrgX
I: PrgX
J: PrgX
K: PrgX
L: PrgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)447,18112
ポリマ－447,18112
非ポリマー00
水11,674648
1
A: PrgX
B: PrgX
E: PrgX
F: PrgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0604
ポリマ－149,0604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13360 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area52450 Å2
手法PISA
2
C: PrgX
D: PrgX
K: PrgX
L: PrgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0604
ポリマ－149,0604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13060 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area52560 Å2
手法PISA
3
G: PrgX
H: PrgX
I: PrgX
J: PrgX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,0604
ポリマ－149,0604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13070 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area52810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.527, 134.366, 195.199
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PrgX


分子量: 37265.090 Da / 分子数: 12 / 変異: Y153C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04114
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, citrate-phophate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.97926, 0.97945, 0.97772
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年3月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979261
20.979451
30.977721
反射解像度: 2.25→29.9 Å / Num. obs: 212720

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→29.9 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 8055 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.221 159184 --
obs0.221 212720 98.6 %-
溶媒の処理Bsol: 40.141 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 51.967 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.285 Å2-0 Å2-6.247 Å2
2---0.688 Å2-0 Å2
3---11.973 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29388 0 0 648 30036
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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