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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2aur | ||||||
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タイトル | F97V (no ligand bound) | ||||||
要素 | Globin Iグロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Allostery (アロステリック効果) / Oxygen binding (酸素) / Hemoglobin (ヘモグロビン) / Oxygen transport (血液) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Knapp, J.E. / Bonham, M.A. / Gibson, Q.H. / Nichols, J.C. / Royer Jr., W.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Residue F4 plays a key role in modulating oxygen affinity and cooperativity in Scapharca dimeric hemoglobin 著者: Knapp, J.E. / Bonham, M.A. / Gibson, Q.H. / Nichols, J.C. / Royer Jr., W.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2aur.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2aur.ent.gz | 49.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2aur.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aur | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The A and B chains form a dimer, which is the biological unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15919.261 Da / 分子数: 2 / 変異: F97V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) プラスミド: pcs-26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110lacIq L8 / 参照: UniProt: P02213 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 8.5 / 詳細: Phosphate, pH 8.5, SMALL TUBES, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月29日 / 詳細: Yale Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30.7 Å / Num. all: 13482 / Num. obs: 11945 / % possible obs: 0.886 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4SDH 解像度: 2.3→30.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2080291.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.6111 Å2 / ksol: 0.327939 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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