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- PDB-2ajb: Porcine dipeptidyl peptidase IV (CD26) in complex with the tripep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ajb
タイトルPorcine dipeptidyl peptidase IV (CD26) in complex with the tripeptide tert-butyl-Gly-L-Pro-L-Ile (tBu-GPI)
要素Dipeptidyl peptidase 4DPP-4
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / dipeptidyl peptidase (ジペプチジルペプチダーゼ) / alpha/beta-hydrolase / beta-propeller (Βプロペラドメイン) / oxyanion hole / substrate channeling / drug design (医薬品設計) / diabetes mellitus (糖尿病) / flexibility (剛性) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity ...Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of extracellular matrix disassembly / DPP-4 / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / chemorepellent activity / dipeptidyl-peptidase activity / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / behavioral fear response / aminopeptidase activity / T cell costimulation / T細胞 / virus receptor activity / lamellipodium / protease binding / response to hypoxia / 細胞接着 / 脂質ラフト / apical plasma membrane / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / protein homodimerization activity / タンパク質分解 / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain ...Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-methyl-L-valyl-L-prolyl-L-isoleucine / 3-methyl-L-valyl-L-prolyl-L-isoleucine / DPP-4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Engel, M. / Hoffmann, T. / Manhart, S. / Heiser, U. / Chambre, S. / Huber, R. / Demuth, H.U. / Bode, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Rigidity and flexibility of dipeptidyl peptidase IV: crystal structures of and docking experiments with DPIV.
著者: Engel, M. / Hoffmann, T. / Manhart, S. / Heiser, U. / Chambre, S. / Huber, R. / Demuth, H.U. / Bode, W.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_molecule.asym_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,92936
ポリマ－337,7174
非ポリマー9,21232
水15,169842
1
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,36318
ポリマ－168,8592
非ポリマー4,50416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area57380 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,56618
ポリマ－168,8592
非ポリマー4,70816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area58080 Å2
手法PISA
3
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子

A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,92936
ポリマ－337,7174
非ポリマー9,21232
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area22580 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area114310 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24460 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area112430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.300, 118.500, 133.530
Angle α, β, γ (deg.)112.67, 94.94, 91.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 4 / DPP-4 / Dipeptidyl peptidase IV / DPP IV / T-cell activation antigen CD26


分子量: 84429.281 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Kidney腎臓 / 参照: UniProt: P22411, DPP-4

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糖 , 3種, 24分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 850分子

#4: 化合物
ChemComp-0QG / 3-methyl-L-valyl-L-prolyl-L-isoleucine


タイプ: peptide-likeペプチド, Peptide-likeペプチド
クラス: 阻害剤 / 分子量: 341.446 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H31N3O4 / 参照: 3-methyl-L-valyl-L-prolyl-L-isoleucine
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 2000, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 87140 / % possible obs: 92.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 1.21
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
2.3-2.3877.70.942120721.0751
2.38-2.4889.40.803138751.0951
2.48-2.5992.90.64144971.1161
2.59-2.7393.50.44145161.1291
2.73-2.994.60.264147331.1071
2.9-3.1295.40.155148871.1331
3.12-3.43960.088149131.2421
3.43-3.9395.70.06148871.5051
3.93-4.9395.10.039147911.2731
4.93-2098.20.033152831.2841

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ORV

1orv


解像度: 2.75→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2706631 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4407 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-87138 95.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.145 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.22 Å2-1.26 Å2-4.99 Å2
2---3.65 Å21.01 Å2
3----10.57 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23864 0 600 842 25306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.772.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 706 4.9 %
Rwork0.263 13630 -
all-14336 -
obs--94.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.topcarbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.topion.param
X-RAY DIFFRACTION5sul.topsul.param
X-RAY DIFFRACTION6tBu-GPI.toptBu-GPI.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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