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- PDB-2a7k: carboxymethylproline synthase (CarB) from pectobacterium carotovo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a7k
タイトルcarboxymethylproline synthase (CarB) from pectobacterium carotovora, apo enzyme
要素CarB
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / carbapenem / carbapenam / crotonase / antibiotic / beta-lactam
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxymethylproline synthase / antibiotic biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1610 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxymethylproline synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Sleeman, M.C. / Sorensen, J.L. / Batchelar, E.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2005
タイトル: Structural and Mechanistic Studies on Carboxymethylproline Synthase (CarB), a Unique Member of the Crotonase Superfamily Catalyzing the First Step in Carbapenem Biosynthesis.
著者: Sleeman, M.C. / Sorensen, J.L. / Batchelar, E.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2005年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CarB
B: CarB
C: CarB
D: CarB
E: CarB
F: CarB
G: CarB
H: CarB
I: CarB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,4749
ポリマ-248,4749
非ポリマー00
14,520806
1
A: CarB
B: CarB
C: CarB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8253
ポリマ-82,8253
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA, PQS
2
D: CarB
E: CarB
F: CarB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8253
ポリマ-82,8253
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25510 Å2
手法PISA, PQS
3
G: CarB
H: CarB
I: CarB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8253
ポリマ-82,8253
非ポリマー00
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.207, 89.860, 264.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
31B
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101C
111A
121B
131D
141E
151F
161G
171H
181I
191C
201A
211B
221D
231E
241F
251G
261H
271I
281C
291A
301B
311D
321E
331F
341G
351H
361I
371C
381A
391B
401D
411E
421F
431G
441H
451I
461C
471A
481B
491D
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511F
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531H
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821C
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1431H
1441I
1451C
1461A
1471B
1481D
1491E
1501F
1511G
1521H
1531I
1541C
1551A
1561B
1571D
1581E
1591F
1601G
1611H
1621I
1631C
1641A
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1671E
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1701H
1711I
1721C
1731A
1741B
1751D
1761E
1771F
1781G
1791H
1801I

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASNASN2CC1 - 191 - 19
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31METMETASNASN2BB1 - 191 - 19
41METMETASNASN2DD1 - 191 - 19
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182LYSLYSLYSLYS3II2020
193HISHISVALVAL2CC21 - 4521 - 45
203HISHISVALVAL2AA21 - 4521 - 45
213HISHISVALVAL2BB21 - 4521 - 45
223HISHISVALVAL2DD21 - 4521 - 45
233HISHISVALVAL2EE21 - 4521 - 45
243HISHISVALVAL2FF21 - 4521 - 45
253HISHISVALVAL2GG21 - 4521 - 45
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354ARGARGARGARG3HH4646
364ARGARGARGARG3II4646
375ALAALAASPASP2CC47 - 6347 - 63
385ALAALAASPASP2AA47 - 6347 - 63
395ALAALAASPASP2BB47 - 6347 - 63
405ALAALAASPASP2DD47 - 6347 - 63
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435ALAALAASPASP2GG47 - 6347 - 63
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466PHEPHEGLUGLU6CC64 - 7864 - 78
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637TRPTRPALAALA2II79 - 10579 - 105
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13115ALAALAILEILE2EE209 - 215209 - 215
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13315ALAALAILEILE2GG209 - 215209 - 215
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14116HISHISHISHIS3FF216216
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14416HISHISHISHIS3II216216
14517LEULEUGLUGLU2CC217 - 219217 - 219
14617LEULEUGLUGLU2AA217 - 219217 - 219
14717LEULEUGLUGLU2BB217 - 219217 - 219
14817LEULEUGLUGLU2DD217 - 219217 - 219
14917LEULEUGLUGLU2EE217 - 219217 - 219
15017LEULEUGLUGLU2FF217 - 219217 - 219
15117LEULEUGLUGLU2GG217 - 219217 - 219
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15518GLNGLNGLNGLN3AA220220
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15718GLNGLNGLNGLN3DD220220
15818GLNGLNGLNGLN3EE220220
15918GLNGLNGLNGLN3FF220220
16018GLNGLNGLNGLN3GG220220
16118GLNGLNGLNGLN3HH220220
16218GLNGLNGLNGLN3II220220
16319THRTHRSERSER2CC221 - 225221 - 225
16419THRTHRSERSER2AA221 - 225221 - 225
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17320LYSLYSLYSLYS6AA226 - 230226 - 230
17420LYSLYSLYSLYS6BB226 - 230226 - 230
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17920LYSLYSALAALA6HH226 - 231226 - 231
18020LYSLYSHISHIS6II226 - 229226 - 229
詳細The biological unit is a trimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chains A, B & C, chains D, E & F and chains G, H & I)

-
要素

#1: タンパク質
CarB


分子量: 27608.275 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
遺伝子: CarB / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XB60
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 806 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, MgCl2, HEPES.Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSRS PX14.210.978
シンクロトロンSRS PX10.120.9801, 0.98033, 0.976071
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2004年7月7日mirrors
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2004年9月24日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2si 111MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9781
20.98011
30.980331
40.9760711
Reflection

: 73417 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1.046 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 99.9 / 冗長度: 6.7 %

ID
1
2
3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.710.0731.0876.8
4.275.3899.910.081.0836.8
3.734.2710010.0721.086.8
3.393.7310010.0891.0896.9
3.153.3910010.1181.0676.8
2.963.1510010.1651.0916.8
2.822.9610010.2241.0636.8
2.692.8210010.2920.9996.8
2.592.6910010.4040.9576.7
2.52.5999.810.5450.9186.1
5.385099.720.0731.0876.8
4.275.3899.920.081.0836.8
3.734.2710020.0721.086.8
3.393.7310020.0891.0896.9
3.153.3910020.1181.0676.8
2.963.1510020.1651.0916.8
2.822.9610020.2241.0636.8
2.692.8210020.2920.9996.8
2.592.6910020.4040.9576.7
2.52.5999.820.5450.9186.1
5.385099.730.0731.0876.8
4.275.3899.930.081.0836.8
3.734.2710030.0721.086.8
3.393.7310030.0891.0896.9
3.153.3910030.1181.0676.8
2.963.1510030.1651.0916.8
2.822.9610030.2241.0636.8
2.692.8210030.2920.9996.8
2.592.6910030.4040.9576.7
2.52.5999.830.5450.9186.1
反射解像度: 2.1→52.93 Å / Num. obs: 100581 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. measured obs: 14507 / Num. unique all: 14507 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
161.6521.2932.485S201
269.787-0.07276.786S200.999
360.023.945120.685S200.957
450.97615.075126.248S200.922
565.55442.04878.05S200.916
642.01317.717113.229S200.914
722.322-0.7399.134S200.903
853.05925.55489.593S200.896
951.8512.57137.253S200.883
1057.36837.82280.594S200.848
1142.4389.70347.978S200.847
12-0.001-10.9493.409S200.837
1310.9524.59986.941S200.835
1430.1625.643141.516S200.826
15-4.27117.93983.71S200.823
16-9.618-12.74982.02S200.821
1741.03211.34360.135S200.818
1846.13221.18725.863S200.806
1921.698-1.432144.909S200.803
2012.76315.53986.224S200.79
211.401-11.04105.291S200.772
2241.89612.463149.908S200.772
2361.335.742137.496S200.77
2453.47637.11189.184S200.769
2532.918-17.056131.384S200.769
2614.7794.38395.905S200.768
27-0.67211.58165.619S200.763
2836.0826.74791.433S200.76
2913.268-6.27896.237S200.759
3032.884-5.371132.465S200.747
3181.471-0.20277.266S200.747
3248.3951.661121.995S200.741
334.7095.247105.59S200.728
3442.68233.86122.118S200.713
3569.706-2.86593.851S200.707
3649.774-1.02233.25S200.704
3742.28111.253137.972S200.699
3830.027-5.501141.142S200.692
3957.25349.02481.495S200.684
4049.601-16.595128.649S200.678
4154.44323.857133.048S200.676
4261.2574.68149.256S200.675
4340.643-5.18150.064S200.674
4440.05530.483110.196S200.674
4547.78233.34102.011S200.668
4681.9888.2773.731S200.667
4749.75136.85713.062S200.666
4893.3728.2374.596S200.654
4947.40239.42771.3S200.634
5051.10515.567137.785S200.615
5138.37737.79514.463S200.593
5250.521-9.94130.208S200.592
5326.845-4.124110.89S200.589
54-13.292-20.87789.14S200.58
5554.02822.20543.512S200.564
56-9.096-13.85693.369S200.538
5770.47445.92666.194S200.499
5866.26128.994129.285S200.474
5950.80914.60648.648S200.449
Phasing dmFOM : 0.74 / FOM acentric: 0.74 / FOM centric: 0.67 / 反射: 92973 / Reflection acentric: 85089 / Reflection centric: 7884
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-45.4660.920.910.9341043240864
4.1-6.60.890.90.8412573110681505
3.3-4.10.850.860.7915618142061412
2.9-3.30.740.750.6315708144951213
2.5-2.90.650.660.4927780259221858
2.3-2.50.610.620.4117190161581032

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.24→45.596 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.234 / WRfactor Rwork: 0.182 / SU B: 13.989 / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 5084 5.061 %random
Rwork0.1849 ---
all0.188 ---
obs0.188 100449 99.673 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.784 Å20 Å20 Å2
2---0.779 Å20 Å2
3----0.005 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→45.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15898 0 0 806 16704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02216189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0214638
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4841.93621947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88333895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.93652061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.92424.331762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.908152628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.29315100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.22509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.33769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.315220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.58048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.59765
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.51633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1510.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1850.317
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2830.383
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.250.524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5931.510973
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2041.54211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.859216533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.405214282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64436311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.658312369
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4974.55414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9974.519613
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDRmsタイプWeight
1C12160.06TIGHT POSITIONAL0.05
2A12160.05TIGHT POSITIONAL0.05
3B12160.06TIGHT POSITIONAL0.05
4D12160.07TIGHT POSITIONAL0.05
5E12160.05TIGHT POSITIONAL0.05
6F12160.05TIGHT POSITIONAL0.05
7G12160.05TIGHT POSITIONAL0.05
8H12160.06TIGHT POSITIONAL0.05
9I12160.06TIGHT POSITIONAL0.05
1C17260.35MEDIUM POSITIONAL0.5
2A17260.46MEDIUM POSITIONAL0.5
3B17260.4MEDIUM POSITIONAL0.5
4D17260.49MEDIUM POSITIONAL0.5
5E17260.38MEDIUM POSITIONAL0.5
6F17260.47MEDIUM POSITIONAL0.5
7G17260.38MEDIUM POSITIONAL0.5
8H17260.42MEDIUM POSITIONAL0.5
9I17260.44MEDIUM POSITIONAL0.5
1C1741.42LOOSE POSITIONAL5
2A1741.06LOOSE POSITIONAL5
3B1741.12LOOSE POSITIONAL5
4D1741.18LOOSE POSITIONAL5
5E1740.99LOOSE POSITIONAL5
6F1741.03LOOSE POSITIONAL5
7G1741.11LOOSE POSITIONAL5
8H1740.94LOOSE POSITIONAL5
9I1741.18LOOSE POSITIONAL5
1C12160.13TIGHT THERMAL0.5
2A12160.12TIGHT THERMAL0.5
3B12160.13TIGHT THERMAL0.5
4D12160.15TIGHT THERMAL0.5
5E12160.13TIGHT THERMAL0.5
6F12160.12TIGHT THERMAL0.5
7G12160.12TIGHT THERMAL0.5
8H12160.12TIGHT THERMAL0.5
9I12160.13TIGHT THERMAL0.5
1C17260.6MEDIUM THERMAL2
2A17260.58MEDIUM THERMAL2
3B17260.68MEDIUM THERMAL2
4D17260.69MEDIUM THERMAL2
5E17260.53MEDIUM THERMAL2
6F17260.58MEDIUM THERMAL2
7G17260.59MEDIUM THERMAL2
8H17260.56MEDIUM THERMAL2
9I17260.57MEDIUM THERMAL2
1C1743.81LOOSE THERMAL10
2A1742.23LOOSE THERMAL10
3B1743.28LOOSE THERMAL10
4D1743LOOSE THERMAL10
5E1742.63LOOSE THERMAL10
6F1743.69LOOSE THERMAL10
7G1742.01LOOSE THERMAL10
8H1741.11LOOSE THERMAL10
9I1743.79LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.24-2.2980.4243440.3286885733998.501
2.298-2.3610.2723470.2346840720099.819
2.361-2.4290.2533310.2246607694099.971
2.429-2.5040.2593330.21664436776100
2.504-2.5850.2523360.20562196555100
2.585-2.6760.2663600.20159986358100
2.676-2.7770.282930.19958646157100
2.777-2.890.2443230.19456275950100
2.89-3.0170.2622750.19854275702100
3.017-3.1640.2542510.19151585409100
3.164-3.3340.2422430.1865001524599.981
3.334-3.5350.2452440.17846504894100
3.535-3.7780.2552490.1724424467899.893
3.778-4.0780.2282450.1484074432499.884
4.078-4.4640.1782130.1423785401199.676
4.464-4.9850.1871990.1383443365999.535
4.985-5.7450.181680.1693036323499.072
5.745-7.0080.2271540.1912600279198.674
7.008-9.7960.1711150.1492061220998.506
9.796-45.5960.251610.2021223134895.252
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7572-0.08740.50082.77420.46483.12450.06990.24850.0374-0.1273-0.11340.2667-0.1288-0.24330.0435-0.1754-0.012-0.0217-0.00580.0445-0.150273.8062-48.0287117.8956
22.9362-0.42170.23971.154-0.50123.0826-0.02860.1334-0.2224-0.10230.0423-0.11130.28480.2285-0.0137-0.16350.04490.0196-0.1186-0.0127-0.144799.8015-60.3083135.7614
32.0096-0.31930.03032.26960.46231.7967-0.0429-0.08790.3430.1070.0304-0.0418-0.2080.00390.0125-0.1112-0.01630.0204-0.1551-0.0279-0.081884.5443-32.2089146.4202
42.27430.272-0.33763.1228-0.86291.14330.00130.18090.0126-0.0339-0.0040.301-0.0966-0.02210.0026-0.09960.0470.0225-0.1739-0.021-0.169687.796716.5602163.74
50.9246-0.41460.30823.5322-0.97272.47910.0243-0.1156-0.02940.5726-0.0755-0.1426-0.28090.23880.05120.0195-0.01120.0021-0.0995-0.018-0.1913101.4181-1.3381188.4967
62.68550.05240.60691.7772-0.03171.9661-0.0061-0.0349-0.41070.11610.07810.58360.0971-0.1454-0.072-0.1186-0.00310.0683-0.1968-0.01590.174173.6048-13.1349172.185
73.6883-0.5514-1.71281.56920.86353.58220.08010.32990.1728-0.0253-0.12670.3403-0.2864-0.45930.0466-0.10570.04220.0107-0.0922-0.0128-0.040828.7252-32.8485179.7907
84.0288-1.8533-0.5353.64130.74171.3376-0.4618-0.3593-0.27460.76610.32520.31650.53080.11050.13660.16760.0570.099-0.12970.0348-0.168747.4716-58.3863190.7328
92.5065-0.455-0.69372.5919-0.21453.2340.12720.2970.3041-0.13-0.0574-0.2647-0.06470.1667-0.0698-0.1749-0.03510.0638-0.10630.0044-0.116957.1586-40.9473163.4089
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 2301 - 230
22BB1 - 2301 - 230
33CC1 - 2381 - 238
44DD1 - 2291 - 229
55EE1 - 2361 - 236
66FF1 - 2261 - 226
77GG1 - 2301 - 230
88HH1 - 2311 - 231
99II1 - 2291 - 229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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