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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a67 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Isochorismatase family protein | ||||||
要素 | isochorismatase family protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / catalytic activity / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Isochorismatase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Chang, C. / Hatzos, C. / Collart, F. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of Isochorismatase family protein 著者: Chang, C. / Hatzos, C. / Collart, F. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a67.cif.gz | 144.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a67.ent.gz | 122.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a67 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19231.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82ZG7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG1000, Na/K Phosphate, NaCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 63727 / Num. obs: 62962 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 27.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / % possible all: 89.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 7.863 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.773 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
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