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万見
- PDB-2a03: Superoxide dismutase protein from plasmodium berghei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a03
タイトルSuperoxide dismutase protein from plasmodium berghei
要素Fe-superoxide dismutase homolog
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP
機能・相同性: / :
機能・相同性情報
生物種Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Hypothetical protein from plasmodium berghei
著者: Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
履歴
登録2005年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.description / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE IDENTITY OF THE METAL IONS AT SITES 200 AND 300 IS UNCERTAIN. THIS MODEL CONTAINS MN ...HETEROGEN THE IDENTITY OF THE METAL IONS AT SITES 200 AND 300 IS UNCERTAIN. THIS MODEL CONTAINS MN IONS AT THESE SITES, BUT X-RAY FLUORESCENCE SCANS INDICATE THAT SOME FRACTION MAY INSTEAD BE FE IONS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe-superoxide dismutase homolog
B: Fe-superoxide dismutase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4285
ポリマ－47,2532
非ポリマー1753
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17450 Å2
手法PISA
2
A: Fe-superoxide dismutase homolog
B: Fe-superoxide dismutase homolog
ヘテロ分子

A: Fe-superoxide dismutase homolog
B: Fe-superoxide dismutase homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,85710
ポリマ－94,5064
非ポリマー3516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area5230 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area33530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.111, 105.111, 207.935
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Fe-superoxide dismutase homolog


分子量: 23626.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
遺伝子: PB000490.02.0 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4YW77, スーパーオキシドディスムターゼ
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.4 ul protein 20 mg/ml, 0.4 ul crystallization buffer, 100mM Zn acetate, 14% PEG 8000, 80mM Na citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 29521 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 25.704
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsDiffraction-ID
2.33-2.4186.80.4652.95225051
2.41-2.5199.40.4464.50529341
2.51-2.6299.90.4056.17829171
2.62-2.761000.3278.67429401
2.76-2.941000.19614.01629371
2.94-3.161000.1221.23329621
3.16-3.481000.08330.55129801
3.48-3.981000.05843.30430041
3.98-5.021000.04756.98330591
5.02-501000.03459.57832831

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.552 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.35
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
EPMR2.5位相決定
PDB_EXTRACT1.6データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005 24/04/2001精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1ISC

1isc


解像度: 2.33→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.202 / WRfactor Rwork: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2017 1493 5.081 %random
Rwork0.1707 ---
obs-29383 98.963 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.332 Å20.666 Å20 Å2
2--1.332 Å20 Å2
3----1.997 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 3 256 3392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0871.8994447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70736391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.82625.412170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66215495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.173154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.3757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.32668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.51610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.51572
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.5346
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3080.514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.89622527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1672807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17533134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.51332734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88841601
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5742680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.64161313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.09163657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.3910.3321070.2241737211087.393
2.391-2.4560.288910.2111937206498.256
2.456-2.5260.251070.2081917202699.901
2.526-2.6020.2631030.1881844194999.897
2.602-2.6860.2241110.18718021913100
2.686-2.7780.1971070.17417481855100
2.778-2.8810.174830.16616871770100
2.881-2.9960.172940.16316521746100
2.996-3.1260.199950.16815521647100
3.126-3.2750.207800.17415231603100
3.275-3.4470.206540.16914631517100
3.447-3.6490.216850.1811378146499.932
3.649-3.8920.216700.161303137499.927
3.892-4.190.203690.14212131282100
4.19-4.570.13510.13911541205100
4.57-5.0770.203400.14410481088100
5.077-5.80.173440.184954998100
5.8-6.9590.212500.189813863100
6.959-9.2950.139340.159678712100
9.295-200.147180.201487505100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.172-0.0630.2620.619-0.31412.0785-0.0366-0.04680.16080.0235-0.00860.0157-0.10940.01840.04530.00160.022-0.00030.0132-0.0133-0.002330.2730.581122.267
21.5276-0.5094-0.05640.97660.24354.09930.07950.14120.18450.01-0.0379-0.1936-0.09090.2673-0.04160.03530.04320.0080.00430.0161-0.021328.50529.524136.478
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 197 / Label seq-ID: 9 - 205

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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