PDB-243d: STRUCTURE OF THE DNA OCTANUCLEOTIDE D(ACGTACGT)2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 243d

タイトル

STRUCTURE OF THE DNA OCTANUCLEOTIDE D(ACGTACGT)2

要素

DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*T)-3')

キーワード

DNA (デオキシリボ核酸) /

A-DNA (A-DNA) /

DOUBLE HELIX

機能・相同性

デオキシリボ核酸

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wilcock, D.J. / Adams, A. / Cardin, C.J. / Wakelin, L.P.G.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: Structure of the DNA octanucleotide d(ACGTACGT)2.
著者: Wilcock, D.J. / Adams, A. / Cardin, C.J. / Wakelin, L.P.

履歴

登録	1996年1月10日	登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	243d.cif.gz	12.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb243d.ent.gz	7.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	243d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/43/243d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/43/243d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	188d-1 317d-1 3ifi-1 3kq8-1 2dlj-1 189d-1 1d91-d 1vt6-1 2nsk-1 115d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*T)-3')

2.43 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*AP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*T)-3')

登録者が定義した集合体
4.85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.845, 42.845, 24.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(APCPGPTPAPCPGPT)-3') 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.56 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER水	1	1
2	MPD	1	1
3	CACODYLATEカコジル酸	1	1
4	MG ACETATE	1	1
5	SPERMINE_HCL	1	1
6	WATER水	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

温度: 291 K / pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	0.5 mM	DNA	1	drop
2	1.5 mM	cacodylate	1	drop
3	1.25 mM	magnesium acetate	1	drop
4	2.5 mM	sperine-4HCl	1	drop
5	6 %	MPD	1	drop
6	30 %	MPD	1	reservoir
7			1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: その他 / 波長: 0.7107
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月4日
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7107 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→9 Å / Num. all: 24514 / Num. obs: 3962 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / R_merge(I) obs: 0.0883
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 9 Å / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(I)*: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3	精密化
XDS		データ削減

精密化

解像度: 1.9→5 Å / σ(F): 1 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.177	-	-
obs	0.177	1994	97.7 %

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	161	0	20	181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	3.47
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 5 Å / σ(F): 1

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 15 Å²

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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