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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 231d | ||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF A DNA-PORPHYRIN COMPLEX | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / FLIPPED-OUT BASES / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | CU(II)MESO(4-N-TETRAMETHYLPYRIDYL)PORPHYRIN / デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | データ登録者 | Lipscomb, L.A. / Zhou, F.X. / Presnell, S.R. / Woo, R.J. / Peek, M.E. / Plaskon, R.R. / Williams, L.D. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 | タイトル: Structure of DNA-porphyrin complex. 著者: Lipscomb, L.A. / Zhou, F.X. / Presnell, S.R. / Woo, R.J. / Peek, M.E. / Plaskon, R.R. / Williams, L.D. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 231d.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb231d.ent.gz | 8.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 231d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/31/231d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/31/231d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PCU / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. all: 49552 / Num. obs: 1334 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 1.5 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 1.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.51 Å / Total num. of bins used: 8 / Num. reflection obs: 87 / Rfactor obs: 0.255 |