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万見
- PDB-1zzy: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant L7V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zzy
タイトルCrystal Structure of Thioredoxin Mutant L7V
要素Thioredoxin 1チオレドキシン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Alpha/Beta
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / oxidoreductase activity / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
チオレドキシン / チオレドキシン / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin 1 / Thioredoxin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Thioredoxin Mutant L7V
著者: Gavira, J.A. / Perez-Jimenez, R. / Ibarra-Molero, B. / Sanchez-Ruiz, J.M.
履歴
登録2005年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / exptl_crystal_grow / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin 1
B: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3472
ポリマ－23,3472
非ポリマー00
水63135
1
A: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6731
ポリマ－11,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioredoxin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6731
ポリマ－11,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.658, 36.597, 42.836
Angle α, β, γ (deg.)78.43, 67.38, 88.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin 1 / チオレドキシン / TRX1 / TRX


分子量: 11673.360 Da / 分子数: 2 / 変異: L7V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC / プラスミド: pTk100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF521 / 参照: UniProt: P00274, UniProt: P0AA25*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: counter-diffusion / pH: 3.8
詳細: 10 mM AcNa pH 3.8, 25% (v/v) EtOH, 10 mM Ac2Cu, Counter-diffusion, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月7日 / 詳細: Montel Optics
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.26 Å / Num. all: 5671 / Num. obs: 5671 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 1.46 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Limit h max: 13 / Limit h min: -12 / Limit k max: 14 / Limit k min: -12 / Limit l max: 17 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1312437.97 / Observed criterion F min: 3.46 / Rsym value: 0.1236 / Net I/σ(I): 6.57
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 1.38 % / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / Num. unique all: 605 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM2データ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータ削減
XPREPデータ削減
CNS精密化
PROTEUM PLUS2データ削減
SAINTデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A:2trx.pdb

2trx


解像度: 2.5→38.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: XTALVIEW and MOLBROBITY were also used for the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 283 5.1 %random
Rwork0.223 ---
all-6393 --
obs-5499 86 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.8937 Å2 / ksol: 0.324627 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 72.55 Å2 / Biso mean: 23.29 Å2 / Biso min: 1.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.2 Å2-2.5 Å2-2.15 Å2
2---4.83 Å21.02 Å2
3----6.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.38 Å
Luzzati d res high-2.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→38.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1614 0 0 35 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.610.442335.30.315930.07779962678.3
2.61-2.750.453365.60.3116100.07679864681
2.75-2.920.254253.60.2416630.05179368886.8
2.92-3.150.291456.20.2276790.04380072490.5
3.15-3.470.266415.60.2326890.04279673091.7
3.47-3.970.248415.60.1926910.03981173290.3
3.97-50.21365.10.1636650.03579470188.2
5-38.690.2112640.2326260.04180565281
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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