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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zyv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Mutant K8DP9SR58KV59G Of Scorpion alpha-Like Neurotoxin Bmk M1 From Buthus Martensii Karsch | ||||||
要素 | Alpha-like neurotoxin BmK-I | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / SCORPION ALPHA-LIKE TOXIN / BMK M1 / MUTANT (ミュータント (人類)) / MAMMAL/INSECT SELECTIVITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mesobuthus martensii (サソリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, X. / Bosmans, F. / Li, C. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Tytgat, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Structural basis for the voltage-gated Na+ channel selectivity of the scorpion alpha-like toxin BmK M1 著者: Ye, X. / Bosmans, F. / Li, C. / Zhang, Y. / Wang, D.C. / Tytgat, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zyv.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zyv.ent.gz | 16.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zyv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7342.234 Da / 分子数: 1 / 変異: K10D, P11S, R60K, V61G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesobuthus martensii (サソリ) / 遺伝子: BMK M1 / プラスミド: PVT 102U-ALPHA / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): S-78 / 参照: UniProt: P45697 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% (w/v) PEG4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月11日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→22.5 Å / Num. all: 8962 / Num. obs: 8962 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1SN1.pdb 解像度: 1.5→22.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 627114.44 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.9434 Å2 / ksol: 0.339323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→22.46 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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