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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zx2 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Yeast UBP3-associated Protein BRE5 | ||||||
要素 | UBP3-associated protein BRE5 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Ubp3 / deubiqutinate / NTF2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ubp3-Bre5 deubiquitination complex / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / ribophagy / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus / negative regulation of mitophagy / protein deubiquitination / stress granule assembly / P-body / ribonucleoprotein complex ...Ubp3-Bre5 deubiquitination complex / regulation of retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to ER / ribophagy / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein retention in Golgi apparatus / negative regulation of mitophagy / protein deubiquitination / stress granule assembly / P-body / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Li, K. / Zhao, K. / Ossareh-Nazari, B. / Da, G. / Dargemont, C. / Marmorstein, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structural basis for interaction between the Ubp3 deubiquitinating enzyme and its Bre5 cofactor 著者: Li, K. / Zhao, K. / Ossareh-Nazari, B. / Da, G. / Dargemont, C. / Marmorstein, R. #1: ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2003 タイトル: Ubp3 requires a cofactor, Bre5, to specifically de-ubiquitinate the COPII protein, Sec23 著者: Cohen, M. / Stutz, F. / Belgareh, N. / Haguenauer-Tsapis, R. / Dargemont, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zx2.cif.gz | 65.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zx2.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zx2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zx2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16948.256 Da / 分子数: 2 / 断片: NTF2-like domains (residues 1-146) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: BRE5 / プラスミド: pGEX4T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53741 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350, Ammonium Sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795, 0.9794, 0.9500, 0.9790 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月12日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 28566 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 28.3 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 8.7 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→79.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.883 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.153 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→79.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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