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- PDB-1zhh: Crystal Structure of the Apo Form of Vibrio Harveyi LUXP Complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zhh
タイトルCrystal Structure of the Apo Form of Vibrio Harveyi LUXP Complexed with the Periplasmic Domain of LUXQ
要素
  • Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ
  • Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP
キーワードSIGNALING PROTEIN / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN / PER/ARNT/SIMPLE-MINDED (PAS) FOLD / AUTOINDUCER-2 (AI-2) / QUORUM SENSING (クオラムセンシング) / SENSOR KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
LuxQ periplasmic domain, C-terminal subdomain / LuxQ periplasmic domain, N-terminal subdomain / LuxQ, periplasmic domain / LuxQ periplasmic domain, N-terminal subdomain / LuxQ, periplasmic / Anthopleurin-A / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...LuxQ periplasmic domain, C-terminal subdomain / LuxQ periplasmic domain, N-terminal subdomain / LuxQ, periplasmic domain / LuxQ periplasmic domain, N-terminal subdomain / LuxQ, periplasmic / Anthopleurin-A / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Β-ラクタマーゼ / Response regulator / Single Sheet / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Periplasmic binding protein-like I / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autoinducer 2-binding periplasmic protein LuxP / Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase LuxQ
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Neiditch, M.B. / Federle, M.J. / Miller, S.T. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Regulation of LuxPQ Receptor Activity by the Quorum-Sensing Signal Autoinducer-2.
著者: Neiditch, M.B. / Federle, M.J. / Miller, S.T. / Bassler, B.L. / Hughson, F.M.
履歴
登録2005年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP
B: Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9103
ポリマ－66,7032
非ポリマー2071
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.468, 128.468, 95.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Autoinducer 2-binding periplasmic protein luxP


分子量: 39294.961 Da / 分子数: 1 / 断片: mature peptide / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: luxP / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P54300
#2: タンパク質 Autoinducer 2 sensor kinase/phosphatase luxQ


分子量: 27407.723 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio harveyi (バクテリア) / 遺伝子: luxQ / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P54302
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸 / CHES (buffer)


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
13.4264
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法9.5ammonium sulfate, 2-(N-cyclohexylamino)-ethane sulfonic acid, NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2962蒸気拡散法, シッティングドロップ法9.5ammonium sulfate, 2-(N-cyclohexylamino)-ethane sulfonic acid, NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1000, 0.9792, 0.9794, 0.9630
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.97921
30.97941
40.9631
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 63780 / Num. obs: 63780 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.94→2.01 Å / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→50 Å / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.222 3245 RANDOM 5.1% OF REFLECTIONS
Rwork0.206 --
all0.24 63766 -
obs0.207 60521 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4426 0 13 333 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.304 226
Rwork0.245 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3274-0.05410.00760.1838-0.15370.53950.0199-0.0006-0.04490.03130.0071-0.0175-0.0949-0.01-0.0270.0669-0.01020.01370.0440.01190.0409-44.212478.30339.342
20.3547-0.10180.04390.38580.10120.3302-0.00370.0555-0.0398-0.0043-0.02160.00480.0022-0.00850.02530.0451-0.01910.02240.0622-0.01970.0401-34.091267.1965-16.5049
30.75530.4082-0.28940.7089-0.18540.2944-0.0094-0.024-0.02370.0306-0.0049-0.0640.0031-0.06070.01430.0492-0.0192-0.03750.05410.02680.0447-17.508789.080712.406
40.44070.4471-0.40740.84660.24730.6924-0.0810.0376-0.1092-0.12340.1145-0.1224-0.0240.1128-0.03350.0084-0.02240.01470.0667-0.02060.08020.934889.2674-4.2385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA179 - 310158 - 289
2X-RAY DIFFRACTION1AA337 - 357316 - 336
3X-RAY DIFFRACTION2AA26 - 1785 - 157
4X-RAY DIFFRACTION2AA311 - 336290 - 315
5X-RAY DIFFRACTION3BB108 - 19272 - 156
6X-RAY DIFFRACTION4BB196 - 236160 - 200
7X-RAY DIFFRACTION4BB250 - 271214 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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