[日本語] English
万見
- PDB-1zbb: Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zbb
タイトルStructure of the 4_601_167 Tetranucleosome
要素
  • DNA STRAND 1 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
  • DNA STRAND 2 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
  • HISTONE H3
  • Histone H2A.1
  • Histone H2B.1
  • Histone H4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / TETRANUCLEOSOME / NUCLEOSOME / CHROMATIN / CHROMATIN FIBER / HISTONE / PROTEIN-DNA INTERACTION / NUCLEOPROTEIN / SUPERCOILED DNA / NUCLEOSOME CORE / PROTEIN-DNA COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H2B signature. / Histone H2B ...Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 9 Å
データ登録者Schalch, T. / Duda, S. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: X-ray structure of a tetranucleosome and its implications for the chromatin fibre.
著者: Schalch, T. / Duda, S. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J.
履歴
登録2005年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年5月14日Group: Other
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
I: DNA STRAND 1 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
J: DNA STRAND 2 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
A: HISTONE H3
B: Histone H4
C: Histone H2A.1
D: Histone H2B.1
E: HISTONE H3
F: Histone H4
G: Histone H2A.1
H: Histone H2B.1
a: HISTONE H3
b: Histone H4
c: Histone H2A.1
d: Histone H2B.1
e: HISTONE H3
f: Histone H4
g: Histone H2A.1
h: Histone H2B.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)431,87218
ポリマ－431,87218
非ポリマー00
水00
1
I: DNA STRAND 1 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
J: DNA STRAND 2 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
A: HISTONE H3
B: Histone H4
C: Histone H2A.1
D: Histone H2B.1
E: HISTONE H3
F: Histone H4
G: Histone H2A.1
H: Histone H2B.1
a: HISTONE H3
b: Histone H4
c: Histone H2A.1
d: Histone H2B.1
e: HISTONE H3
f: Histone H4
g: Histone H2A.1
h: Histone H2B.1

I: DNA STRAND 1 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
J: DNA STRAND 2 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)
A: HISTONE H3
B: Histone H4
C: Histone H2A.1
D: Histone H2B.1
E: HISTONE H3
F: Histone H4
G: Histone H2A.1
H: Histone H2B.1
a: HISTONE H3
b: Histone H4
c: Histone H2A.1
d: Histone H2B.1
e: HISTONE H3
f: Histone H4
g: Histone H2A.1
h: Histone H2B.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)863,74336
ポリマ－863,74336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)127.675, 168.445, 237.126
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X+1,Y,-Z+1

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#1: DNA鎖 DNA STRAND 1 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)


分子量: 107153.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Tandem repeat of sequence isolated by Lowary PT, Widom J., J Mol Biol. 1998 Feb 13;276(1):19-42 SEE REMARK 999 for more details
#2: DNA鎖 DNA STRAND 2 (ARBITRARY MODEL SEQUENCE)


分子量: 107144.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Tandem repeat of sequence isolated by Lowary PT, Widom J., J Mol Biol. 1998 Feb 13;276(1):19-42 SEE REMARK 999 for more details

-
タンパク質 , 4種, 16分子 AEaeBFbfCGcgDHdh

#3: タンパク質
HISTONE H3


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P84233
#4: タンパク質
Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P62799
#5: タンパク質
Histone H2A.1 / HISTONE H2A


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P06897
#6: タンパク質
Histone H2B.1 / HISTONE H2B


分子量: 13848.097 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P02281

-
詳細

配列の詳細THE 4_601_167 TETRANUCLEOSOME IS MODELLED BASED ON THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE STRUCTURE 1KX5. DUE ...THE 4_601_167 TETRANUCLEOSOME IS MODELLED BASED ON THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE STRUCTURE 1KX5. DUE TO THE LOW RESOLUTION OF THE DATA THE ACTUAL 601 SEQUENCE COULD NOT BE MODELLED INTO THE TETRANUCLEOSOME STRUCTURE. THE DNA SEQUENCE USED FOR RECONSTITUTION OF THE TETRA- NUCLEOSOME IS: ATCGAAGACAGTACTGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGT AGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAA GGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTAAGTA CTGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGC ACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCC TAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTAAGTACTGGCCGCCCTGG AGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGC ACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCA CGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTAAGTACTGGCCGCCCTGGAGAATCCCGGTGC CGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGT CCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATA TACATCCTGTGCATGTAAGTACTCTGTCTTCGAT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 12

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: magnesium chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, trisCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2potassium chloride11
3potassium cacodylate11
4trisCl11
5magnesium chloride12
6potassium chloride12
7potassium cacodylate12
8trisCl12

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.9698
シンクロトロンSLS X06SA21.00003
シンクロトロンSLS X06SA30.85003
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2003年8月13日Dynamically bendable mirror
MARRESEARCH2CCD2003年8月22日Dynamically bendable mirror
MARRESEARCH3CCD2003年10月3日Dynamically bendable mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96981
21.000031
30.850031
反射解像度: 9→50 Å / Num. all: 1994 / Num. obs: 1994 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.28
反射 シェル解像度: 9→10 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 12.55 / Num. unique all: 542 / Rsym value: 0.087 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BEASTモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KX5(NUCLEOSOME CORE PARTICLE)

1kx5


解像度: 9→50 Å / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT OF NUCLEOSOME POSITIONS ONLY. NO CROSSVALIDATION WAS EMPLOYED DUE TO HIGH FLUCTUATIONS OF RFREE CAUSED BY THE SMALL NUMBER OF REFLECTIONS IN ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT OF NUCLEOSOME POSITIONS ONLY. NO CROSSVALIDATION WAS EMPLOYED DUE TO HIGH FLUCTUATIONS OF RFREE CAUSED BY THE SMALL NUMBER OF REFLECTIONS IN THE TEST SET. Since the structure was solved at very low resolution, remark 500 records have been suppressed at the request of depositors.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.386 --
obs0.386 1992 97 %
all-1992 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12630 14221 0 0 26851
LS精密化 シェル解像度: 9→9.72 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.447 --
Rfree-0 -
obs--97.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る