+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zbb | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / TETRANUCLEOSOME / NUCLEOSOME / CHROMATIN / CHROMATIN FIBER / HISTONE / PROTEIN-DNA INTERACTION / NUCLEOPROTEIN / SUPERCOILED DNA / NUCLEOSOME CORE / PROTEIN-DNA COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 9 Å | ||||||
データ登録者 | Schalch, T. / Duda, S. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: X-ray structure of a tetranucleosome and its implications for the chromatin fibre. 著者: Schalch, T. / Duda, S. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zbb.cif.gz | 605.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1zbb.ent.gz | 454 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1zbb_validation.pdf.gz | 515.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1zbb_full_validation.pdf.gz | 526.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1zbb_validation.xml.gz | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1zbb_validation.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zb/1zbb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X+1,Y,-Z+1 |
-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 107153.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Tandem repeat of sequence isolated by Lowary PT, Widom J., J Mol Biol. 1998 Feb 13;276(1):19-42 SEE REMARK 999 for more details |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 107144.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Tandem repeat of sequence isolated by Lowary PT, Widom J., J Mol Biol. 1998 Feb 13;276(1):19-42 SEE REMARK 999 for more details |
-タンパク質 , 4種, 16分子 AEaeBFbfCGcgDHdh
#3: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P84233 #4: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P62799 #5: タンパク質 | 分子量: 13978.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P06897 #6: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P02281 |
---|
-詳細
配列の詳細 | THE 4_601_167 TETRANUCLEOSOME IS MODELLED BASED ON THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE STRUCTURE 1KX5. DUE ...THE 4_601_167 TETRANUCLE |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 12 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75 詳細: magnesium chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, trisCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 |
| ||||||||||||||||||||||||
検出器 |
| ||||||||||||||||||||||||
放射 |
| ||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 9→50 Å / Num. all: 1994 / Num. obs: 1994 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.28 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 9→10 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 12.55 / Num. unique all: 542 / Rsym value: 0.087 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KX5(NUCLEOSOME CORE PARTICLE) 解像度: 9→50 Å / σ(F): 0 詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT OF NUCLEOSOME POSITIONS ONLY. NO CROSSVALIDATION WAS EMPLOYED DUE TO HIGH FLUCTUATIONS OF RFREE CAUSED BY THE SMALL NUMBER OF REFLECTIONS IN ...詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED BY RIGID BODY REFINEMENT OF NUCLEOSOME POSITIONS ONLY. NO CROSSVALIDATION WAS EMPLOYED DUE TO HIGH FLUCTUATIONS OF RFREE CAUSED BY THE SMALL NUMBER OF REFLECTIONS IN THE TEST SET. Since the structure was solved at very low resolution, remark 500 records have been suppressed at the request of depositors.
| ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 9→50 Å
| ||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 9→9.72 Å /
|