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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z9j | ||||||
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タイトル | Photosynthetic Reaction Center from Rhodobacter sphaeroides | ||||||
要素 | (Reaction center protein ...Photosynthetic reaction centre) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Alpha Helix (Αヘリックス) / Membrane Protein (膜タンパク質) / Mutant (ミュータント (人類)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Thielges, M. / Uyeda, G. / Camara-Artigas, A. / Kalman, L. / Williams, J.C. / Allen, J.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Design of a Redox-Linked Active Metal Site: Manganese Bound to Bacterial Reaction Centers at a Site Resembling That of Photosystem II 著者: Thielges, M. / Uyeda, G. / Camara-Artigas, A. / Kalman, L. / Williams, J.C. / Allen, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z9j.cif.gz | 171 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1z9j.ent.gz | 128.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/1z9j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Reaction center protein ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 31371.377 Da / 分子数: 1 / 変異: L131H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufL / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): delLM1.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34476.438 Da / 分子数: 1 / 変異: L160H, R164Y, M168E, F197H, G288D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: pufM / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): delLM1.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9 |
#3: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 遺伝子: puhA / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): delLM1.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7 |
-非ポリマー , 6種, 12分子
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-FE / | #8: 化合物 | ChemComp-MN / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG,NaCl,MnCl, LDAO, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月8日 / 詳細: graphite |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→25 Å / Num. all: 65241 / Num. obs: 13804 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 120 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rsym value: 0.17 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1m3x 解像度: 4.5→19.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 4332507.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 283.89 Å2 / ksol: 0.646587 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→19.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.5→4.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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