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万見
- PDB-1z7l: Crystal structure of fragment of mouse ubiquitin-activating enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z7l
タイトルCrystal structure of fragment of mouse ubiquitin-activating enzyme
要素Ubiquitin-activating enzyme E1 1
キーワードLIGASE (リガーゼ) / SCCH / ubiquitin-activating enzyme (ユビキチン活性化酵素) / second catalytic cysteine half-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ユビキチン活性化酵素 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ubiquitin activating enzyme activity / 接着斑 / rough endoplasmic reticulum membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ヘテロクロマチン / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / endosome membrane ...ユビキチン活性化酵素 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ubiquitin activating enzyme activity / 接着斑 / rough endoplasmic reticulum membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ヘテロクロマチン / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / endosome membrane / lysosomal membrane / DNA damage response / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily ...Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD combine with SIR / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Szczepanowski, R.H. / Filipek, R. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a fragment of mouse ubiquitin-activating enzyme.
著者: Szczepanowski, R.H. / Filipek, R. / Bochtler, M.
履歴
登録2005年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1246
ポリマ－93,9913
非ポリマー6,1343
水0
1
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3752
ポリマ－31,3301
非ポリマー2,0451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3752
ポリマ－31,3301
非ポリマー2,0451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3752
ポリマ－31,3301
非ポリマー2,0451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)216.123, 216.123, 196.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1


分子量: 31330.207 Da / 分子数: 3
断片: second catalytic cysteine half-domain (residues 626-891)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ube1x, Uba1, Ube1 / プラスミド: pET15-SCCH / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02053
#2: 化合物 ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.6 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2mM TCEP, 1.8M ammonium sulfate, 30% glycerol, 5mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月23日 / 詳細: MONOCHROMATIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 43074 / Num. obs: 43074 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 87.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071
反射 シェル解像度: 2.8→2.84 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3116 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SIGMAA位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: MAD combine with SIR / 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3580098.63 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 2109 5 %RANDOM
Rwork0.277 ---
obs0.277 41877 99 %-
all-41877 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.0268 Å2 / ksol: 0.28225 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.91 Å22.27 Å20 Å2
2---6.91 Å20 Å2
3---13.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6090 0 54 0 6144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.042
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.742.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 351 5 %
Rwork0.404 6679 -
obs--98.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3TBR_XPLOR_PAR.TXTTBR_XPLOR_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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