+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1z08 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GppNHp-Bound Rab21 Q53G mutant GTPase | ||||||
要素 | Ras-related protein Rab-21 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab21 / Vesicular trafficking | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic side of early endosome membrane / Rab protein signal transduction / positive regulation of early endosome to late endosome transport / RAB geranylgeranylation / regulation of exocytosis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / vesicle membrane / anterograde axonal transport / regulation of axon extension / positive regulation of dendrite morphogenesis ...cytoplasmic side of early endosome membrane / Rab protein signal transduction / positive regulation of early endosome to late endosome transport / RAB geranylgeranylation / regulation of exocytosis / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / vesicle membrane / anterograde axonal transport / regulation of axon extension / positive regulation of dendrite morphogenesis / Golgi cisterna membrane / 分裂溝 / 細胞内膜系 / axon cytoplasm / intracellular protein transport / ゴルジ体 / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / GDP binding / early endosome membrane / protein stabilization / エンドソーム / エンドソーム / ゴルジ体 / focal adhesion / GTPase activity / シナプス / GTP binding / endoplasmic reticulum membrane / extracellular exosome / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2005 タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1z08.cif.gz | 167.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1z08.ent.gz | 128.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1z08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/1z08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/1z08 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1yu9C 1yvdC 1yzkC 1yzlC 1yzmC 1yznC 1yzqC 1yztC 1yzuC 1z06C 1z07C 1z0aC 1z0dC 1z0fC 1z0iC 1z0jC 1z0kC 1z22C 1z2aC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
5 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19264.133 Da / 分子数: 4 / 断片: GTPase domain / 変異: Q53G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB21, KIAA0118 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon Plus-RIL Cells / 参照: UniProt: Q9UL25 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GNP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 4000, 200mM Magnesium acetate, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月31日 / 詳細: Osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 68656 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5610 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 97.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Polyalanine Rab3A GTPase 解像度: 1.8→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 2.446 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.077 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.796→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
|