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- PDB-1z05: Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1z05
タイトルCrystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
要素transcriptional regulator, ROK familyTranscriptional regulation
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / ROK family / transcriptional regulator / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ROK family signature. / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...ROK family signature. / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-メルカプトエタノール / Transcriptional regulator, ROK family
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the ROK family transcriptional regulator, homolog of E.coli MLC protein.
著者: Minasov, G. / Brunzelle, J.S. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.
履歴
登録2005年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transcriptional regulator, ROK family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,89710
ポリマ－47,0851
非ポリマー8129
水7,134396
1
A: transcriptional regulator, ROK family
ヘテロ分子

A: transcriptional regulator, ROK family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,79320
ポリマ－94,1692
非ポリマー1,62418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)93.719, 93.719, 118.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細Probably a dimer. The secon part could be generated by the two fold axis: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 transcriptional regulator, ROK family / Transcriptional regulation


分子量: 47084.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor (コレラ菌)
生物種: Vibrio choleraeコレラ菌 / 株: N16961 / 遺伝子: AAF95155 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KQJ1

-
非ポリマー , 5種, 405分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル / 2-メルカプトエタノール


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 1.5M Ammonium SO4, 12% Glycerol, 5mM beta-mercaptoethanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月9日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. all: 33945 / Num. obs: 33945 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 52.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 3580 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.11 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Individual isotropic b-factor refinement
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22429 1651 5 %RANDOM
Rwork0.18501 ---
obs0.18702 31297 90.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.342 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å20 Å2
2---1.58 Å20 Å2
3---3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3045 0 41 396 3482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0981.9744480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2925426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18424.899149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.89715573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0761520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022490
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0481.52132
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67123331
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.77631288
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2364.51149
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 144 -
Rwork0.217 2461 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.1598-2.05752.12394.7606-2.54395.24510.07380.0499-0.06960.23740.03450.3346-0.1264-0.1312-0.1083-0.2467-0.00890.0213-0.11680.0277-0.1675-7.562224.455616.6833
22.845-0.37581.09434.4043-0.97672.2518-0.06-0.09070.07190.519-0.0586-0.3053-0.14880.12870.1185-0.114-0.0059-0.0586-0.2065-0.0298-0.219817.122120.158234.014
32.3236-1.7145-0.67552.07430.50430.78740.0769-0.00070.0535-0.03070.0727-0.1438-0.04780.1789-0.1495-0.1324-0.016-0.0017-0.1482-0.0618-0.173421.2413-3.388222.6964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA14 - 8238 - 106
2X-RAY DIFFRACTION1AA395 - 405419 - 429
3X-RAY DIFFRACTION2AA83 - 192107 - 216
4X-RAY DIFFRACTION3AA193 - 394217 - 418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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