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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yty | ||||||
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タイトル | Structural basis for recognition of UUUOH 3'-terminii of nascent RNA pol III transcripts by La autoantigen | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/RNA / Protein-RNA complex / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal ...nuclear histone mRNA catabolic process / histone mRNA metabolic process / tRNA 3'-end processing / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA Polymerase III Transcription Termination / IRES-dependent viral translational initiation / tRNA export from nucleus / tRNA modification / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / tRNA 5'-leader removal / sequence-specific mRNA binding / poly(U) RNA binding / tRNA processing / positive regulation of translation / cytoplasmic stress granule / tRNA binding / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å | ||||||
データ登録者 | Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Ilin, S. / Malinina, L. / Phan, A.T. / Teplov, A. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006 タイトル: Structural Basis for Recognition and Sequestration of UUU(OH) 3' Temini of Nascent RNA Polymerase III Transcripts by La, a Rheumatic Disease Autoantigen. 著者: Teplova, M. / Yuan, Y.R. / Phan, A.T. / Malinina, L. / Ilin, S. / Teplov, A. / Patel, D.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yty.cif.gz | 95.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yty.ent.gz | 77.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yty.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/1yty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yt/1yty | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASN / End label comp-ID: PHE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 7 - 189 / Label seq-ID: 7 - 189
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詳細 | Monomer. There are two copies at one asymmetric unit related by NCS 2-fold axis |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2787.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: タンパク質 | 分子量: 22951.543 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 1-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSB / プラスミド: modified pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05455 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 3350, lithium sulfate, potassium chloride, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97946 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 20734 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rsym value: 0.148 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.29→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 15.38 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.661 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→40 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1515 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.292→2.352 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 39.9977 Å / Origin y: -2.3111 Å / Origin z: -42.4449 Å
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精密化 TLSグループ |
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