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- PDB-1ytd: Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ytd
タイトルCrystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum, Native Structure
要素nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / nicotinate phosphoribosyltransferase / type II phosphoribosyltransferase / zinc-knuckle motif / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nicotinate phosphoribosyltransferase, archaeal-type / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Nicotinate phosphoribosyltransferase, archaeal-type / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative nicotinate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shin, D.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum.
著者: Shin, D.H. / Oganesyan, N. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2005年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6951
ポリマ－43,6951
非ポリマー00
水70339
1
A: nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,1716
ポリマ－262,1716
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area33730 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area78270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)136.024, 136.024, 119.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 nicotinate phosphoribosyltransferase from Thermoplasma acidophilum /


分子量: 43695.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)/pSJS1244 / 参照: UniProt: Q9HJ28, EC: 2.4.2.11
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 45% MPD, 0.2M ammonium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.1049 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月2日 / 詳細: Monochromator
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1049 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 16687 / Num. obs: 16303 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 95.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 80058.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1541 9.9 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.203 16590 --
obs0.198 15495 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.8672 Å2 / ksol: 0.326164 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.52 Å29.53 Å20 Å2
2--7.52 Å20 Å2
3----15.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3011 0 0 39 3050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.542
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it11.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 233 10 %
Rwork0.302 2097 -
obs--86.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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