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- PDB-1yfb: The solution structure of the N-domain of the transcription facto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yfb
タイトルThe solution structure of the N-domain of the transcription factor abrB
要素Transition state regulatory protein abrB
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / NMR (核磁気共鳴) / HOMODIMER / BIOINFORMATICS (バイオインフォマティクス) / SWAPPED-HAIRPIN BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation / sporulation resulting in formation of a cellular spore / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AbrB, C-terminal / AbrB C-terminal domain / Pemi-like Protein 1; Chain: D / Pemi-like Protein 1; Chain: D - #10 / SpoVT / AbrB like domain / Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transition state regulatory protein AbrB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Truffault, V. / Djuranovic, S. / Coles, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: AbrB-like transcription factors assume a swapped hairpin fold that is evolutionarily related to double-psi beta barrels.
著者: Coles, M. / Djuranovic, S. / Soding, J. / Frickey, T. / Koretke, K. / Truffault, V. / Martin, J. / Lupas, A.N.
履歴
登録2004年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transition state regulatory protein abrB
B: Transition state regulatory protein abrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9722
ポリマ－13,9722
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 50minimized average structure
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Transition state regulatory protein abrB


分子量: 6986.237 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ABRB / プラスミド: pet30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08874

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D 15N-separated NOESY
1212D NOESY
132HNHA
14313C-filtered/edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM AbrB-N; 20mM phosphate buffer; 80mM KCl90% H2O/10% D2O
20.5mM AbrB-N U-15N; 20mM phosphate buffer; 80mM KCl90% H2O/10% D2O
30.25mM AbrB-N U-15N, 0.25mM AbrB-N U-13C; 20mM phosphate buffer; 80mM KCl90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 80mM / pH: 5.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker DMXBrukerDMX9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORNIH-2.9.7BRUNGER, A.T.構造決定
XwinNMR3.5Brukercollection
XwinNMR3.5Bruker解析
NMRView5.0.15Johnson, B.A.データ解析
X-PLORNIH-2.9.7BRUNGER, A.T.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: minimized average structure
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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