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万見
- PDB-1ydt: STRUCTURE OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ydt
タイトルSTRUCTURE OF CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE, ALPHA-CATALYTIC SUBUNIT IN COMPLEX WITH H89 PROTEIN KINASE INHIBITOR N-[2-(4-BROMOCINNAMYLAMINO)ETHYL]-5-ISOQUINOLINE
要素
  • C-AMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
  • PROTEIN KINASE INHIBITOR PEPTIDE
キーワードCOMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE/INHIBITOR) / COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-INHIBITOR) / TRANSFERASE (転移酵素) / CAMP (CAMP) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / ISOQUINOLINE SULFONAMIDE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / COMPLEX (PHOSPHOTRANSFERASE-INHIBITOR) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / プロテインキナーゼA / cAMP-dependent protein kinase activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / negative regulation of protein import into nucleus / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / protein kinase A signaling / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IQB / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Engh, R.A. / Girod, A. / Kinzel, V. / Huber, R. / Bossemeyer, D.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Crystal structures of catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase in complex with isoquinolinesulfonyl protein kinase inhibitors H7, H8, and H89. Structural implications for selectivity.
著者: Engh, R.A. / Girod, A. / Kinzel, V. / Huber, R. / Bossemeyer, D.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1993
タイトル: Phosphotransferase and Substrate Binding Mechanism of the Camp-Dependent Protein Kinase Catalytic Subunit from Porcine Heart as Deduced from the 2.0 A Structure of the Complex with Mn2+ ...タイトル: Phosphotransferase and Substrate Binding Mechanism of the Camp-Dependent Protein Kinase Catalytic Subunit from Porcine Heart as Deduced from the 2.0 A Structure of the Complex with Mn2+ Adenylyl Imidodiphosphate and Inhibitor Peptide Pki(5-24)
著者: Bossemeyer, D. / Engh, R.A. / Kinzel, V. / Ponstingl, H. / Huber, R.
#2: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1992
タイトル: Cloning of the C Alpha Catalytic Subunit of the Bovine Camp-Dependent Protein Kinase
著者: Wiemann, S. / Kinzel, V. / Pyerin, W.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Inhibition of Forskolin-Induced Neurite Outgrowth and Protein Phosphorylation by a Newly Synthesized Selective Inhibitor of Cyclic AMP-Dependent Protein Kinase, N-[2-(Para- ...タイトル: Inhibition of Forskolin-Induced Neurite Outgrowth and Protein Phosphorylation by a Newly Synthesized Selective Inhibitor of Cyclic AMP-Dependent Protein Kinase, N-[2-(Para-Bromocinnamylamino) Ethyl]-5-Isoquinolinesulfonamide (H-89), of Pc12D Pheochromocytoma Cells
著者: Chijiwa, T. / Mishima, A. / Hagiwara, M. / Sano, M. / Hayashi, K. / Inoue, T. / Naito, K. / Toshioka, T. / Hidaka, H.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Isoquinolinesulfonamides, Novel and Potent Inhibitors of Cyclic Nucleotide Dependent Protein Kinase and Protein Kinase C
著者: Hidaka, H. / Inagaki, M. / Kawamoto, S. / Sasaki, Y.
履歴
登録1996年7月24日-
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: C-AMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE
I: PROTEIN KINASE INHIBITOR PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3543
ポリマ－42,9082
非ポリマー4461
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.580, 76.280, 80.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 C-AMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE / CAPK / PKA C-ALPHA


分子量: 40681.363 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA ISOENZYME / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: HEART心臓 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00517, EC: 2.7.1.37
#2: タンパク質・ペプチド PROTEIN KINASE INHIBITOR PEPTIDE / PKI / PKI-ALPHA


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P04541, UniProt: P63249*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-IQB / N-[2-(4-BROMOCINNAMYLAMINO)ETHYL]-5-ISOQUINOLINE SULFONAMIDE / H-89 / N-[2-(4-ブロモシンナミルアミノ)エチル]-5-イソキノリンスルホンアミド / H-89


分子量: 446.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20BrN3O2S / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.31 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 % METHANOL, 70 MILLIMOLAR SODIUM SULFATE, 20 MILLIMOLAR MES-BIS-TRIS PH 6.5, 279K USING HANGING DROP DIFFUSION., vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.6 / PH range high: 6.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
225 mMMes-BisTris1drop
375 mM1dropLiCl
40.1 mMEDTA1drop
51 mMdithiothreitol1drop
61.5 mMoctanoyl-N-methylglucamide1drop
71.5 mMH inhibitor1drop
81 mMPKI-(5-24)1drop
915 %methanol1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 12157 / % possible obs: 62 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.39 Å / % possible obs: 26 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→6 Å / Rfactor Rwork: 0.194 / Rfactor obs: 0.194 / σ(F): 3
詳細: ONLY THE WATER MOLECULES IN THE VICINITY OF THE BOUND H-89 INHIBITOR MOLECULE HAVE BEEN MODELED.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 35 21 2983
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 12157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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