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- PDB-1y8q: SUMO E1 ACTIVATING ENZYME SAE1-SAE2-MG-ATP COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y8q
タイトルSUMO E1 ACTIVATING ENZYME SAE1-SAE2-MG-ATP COMPLEX
要素(Ubiquitin-like ...ユビキチン) x 2
キーワードLIGASE (リガーゼ) / SUMO (SUMOタンパク質) / E1 / HETERODIMER / ACTIVATING ENZYME / UBL
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO activating enzyme complex / SUMO activating enzyme activity / ubiquitin activating enzyme activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO binding / small protein activating enzyme binding / positive regulation of protein sumoylation / ATP-dependent protein binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの ...SUMO activating enzyme complex / SUMO activating enzyme activity / ubiquitin activating enzyme activity / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO binding / small protein activating enzyme binding / positive regulation of protein sumoylation / ATP-dependent protein binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein sumoylation / enzyme activator activity / transferase activity / protein heterodimerization activity / magnesium ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SUMO-activating enzyme subunit 2, C-terminal domain / SUMO-activating enzyme subunit 2 C-terminus / Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3 / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme ubiquitin-like domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme ubiquitin-like domain / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / SUMO-activating enzyme subunit Uba2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. ...SUMO-activating enzyme subunit 2, C-terminal domain / SUMO-activating enzyme subunit 2 C-terminus / Ubiquitin-like 2 activating enzyme e1b. Chain: B, domain 3 / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme ubiquitin-like domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme ubiquitin-like domain / Ubiquitin activating enzymes (Uba3). Chain: B, domain 2 / SUMO-activating enzyme subunit Uba2 / Ubiquitin activating enzyme, alpha domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Roll / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SUMO-activating enzyme subunit 1 / SUMO-activating enzyme subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lois, L.M. / Lima, C.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structures of the SUMO E1 provide mechanistic insights into SUMO activation and E2 recruitment to E1
著者: Lois, L.M. / Lima, C.D.
履歴
登録2004年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like 1 activating enzyme E1A
B: Ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B
C: Ubiquitin-like 1 activating enzyme E1A
D: Ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,75810
ポリマ－219,5644
非ポリマー1,1946
水14,772820
1
A: Ubiquitin-like 1 activating enzyme E1A
B: Ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3795
ポリマ－109,7822
非ポリマー5973
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area35170 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-like 1 activating enzyme E1A
D: Ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3795
ポリマ－109,7822
非ポリマー5973
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area34670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.245, 116.667, 106.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.67, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

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Ubiquitin-like ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Ubiquitin-like 1 activating enzyme E1A / SUMO-1 activating enzyme subunit 1


分子量: 38499.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBLE1A, SAE1 / プラスミド: PET11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3CP / 参照: UniProt: Q9UBE0
#2: タンパク質 Ubiquitin-like 2 activating enzyme E1B / SUMO-1 activating enzyme subunit 2 / Anthracycline-associated resistance ARX / HRIHFB2115


分子量: 71282.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBLE1B, SAE2 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3CP / 参照: UniProt: Q9UBT2

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非ポリマー , 4種, 826分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M sodium acetate, 10mM ATP, 10-20% PEG4000, 0.1-1.0M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 111631 / Num. obs: 108617 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / Biso Wilson estimate: 42.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.25→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2911892.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 5252 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.2081 104390 97 %-
all-108617 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.7839 Å2 / ksol: 0.322736 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.53 Å20 Å27.29 Å2
2---3.95 Å20 Å2
3---1.41 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.29 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12931 0 66 820 13817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 859 5.2 %
Rwork0.35 15783 -
obs--93.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CIS_PEPTIDE_SAMK2.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ATP_XPLOR_PAR.TXTATP_XPLOR_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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