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万見
- PDB-1y3a: Structure of G-Alpha-I1 bound to a GDP-selective peptide provides... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y3a
タイトルStructure of G-Alpha-I1 bound to a GDP-selective peptide provides insight into guanine nucleotide exchange
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
  • KB752 peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding ...Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / 細胞皮質 / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / 細胞周期 / G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞分裂 / lysosomal membrane / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / 核小体 / magnesium ion binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...GI Alpha 1, domain 2-like / GI Alpha 1, domain 2-like / G-protein alpha subunit, group I / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Johnston, C.A. / Willard, F.S. / Jezyk, M.R. / Fredericks, Z. / Bodor, E.T. / Jones, M.B. / Blaesius, R. / Harden, T.K. / Sondek, J. / Watts, V.J. ...Johnston, C.A. / Willard, F.S. / Jezyk, M.R. / Fredericks, Z. / Bodor, E.T. / Jones, M.B. / Blaesius, R. / Harden, T.K. / Sondek, J. / Watts, V.J. / Ramer, J.K. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structure of G-Alpha-I1 bound to a GDP-selective peptide provides insight into guanine nucleotide exchange
著者: Johnston, C.A. / Willard, F.S. / Jezyk, M.R. / Fredericks, Z. / Bodor, E.T. / Jones, M.B. / Blaesius, R. / Watts, V.J. / Harden, T.K. / Sondek, J. / Ramer, J.K. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2004年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_biol
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THERE IS NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR CHAINS E-H AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
B: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
C: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
D: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
E: KB752 peptide
F: KB752 peptide
G: KB752 peptide
H: KB752 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,33712
ポリマ－158,5648
非ポリマー1,7734
水2,450136
1
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
E: KB752 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0843
ポリマ－39,6412
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
F: KB752 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0843
ポリマ－39,6412
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
3
C: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
G: KB752 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0843
ポリマ－39,6412
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
4
D: Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit
H: KB752 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0843
ポリマ－39,6412
非ポリマー4431
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.943, 112.785, 109.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Guanine nucleotide-binding protein G(i), alpha-1 subunit / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / G-alpha-i1


分子量: 37603.809 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 25-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI1 / プラスミド: pPRO-EXHTb / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63096
#2: タンパク質・ペプチド
KB752 peptide


分子量: 2037.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: PROTEIN SELECTED BY PHAGE DISPLAY / プラスミド: pPRO-EXHTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.995 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 8000, sucrose, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0093144 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射モノクロメーター: APS BEAMLINE 22-ID (SER-CAT) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093144 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 61384 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.7 % / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BOF

1bof


解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.28 1561 RANDOM
Rwork0.24 --
all0.291 --
obs0.255 58897 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.703 Å20 Å27.986 Å2
2--2.255 Å20 Å2
3----0.552 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10184 0 112 136 10432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.29
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.53 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 35 -
Rwork0.297 --
obs-853 96 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3gdp.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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