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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y38 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the complex formed between phospholipase A2 dimer and glycerophosphate at 2.4 A resolution | ||||||
要素 | Phospholipase A2 VRV-PL-VIIIa | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / catalysis / inhibition (酵素阻害剤) / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホリパーゼA2 / phospholipase A2 activity / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Daboia russellii pulchella (ラッセルクサリヘビ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å | ||||||
データ登録者 | Singh, N. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the complex formed between phospholipase A2 dimer and glycerophosphate at 2.4 A resolution 著者: Singh, N. / Jabeen, T. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y38.cif.gz | 61 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y38.ent.gz | 48.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y38.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/1y38 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/1y38 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological dimer |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 13629.767 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Daboia russellii pulchella (ラッセルクサリヘビ) Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: pulchella / 参照: UniProt: P59071, ホスホリパーゼA2 |
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-非ポリマー , 5種, 176分子
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25mM Cacodylate, 0.3M ammonium sulphate, 30% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月8日 / 詳細: M |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→20 Å / Num. all: 7984 / Num. obs: 7984 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 19 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.44→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 173506.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.3621 Å2 / ksol: 0.342466 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→19.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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