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万見
- PDB-1y2d: Catalytic Domain Of Human Phosphodiesterase 4D In Complex With 1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1y2d
タイトルCatalytic Domain Of Human Phosphodiesterase 4D In Complex With 1-(4-methoxy-phenyl)-3,5-dimethyl-1H-pyrazole-4-carboxylic acid ethyl ester
要素cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Phosphodiesterase (ホスホジエステラーゼ) / PDE / PDE4D / Pyrazole (ピラゾール)
機能・相同性
機能・相同性情報


signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel ...signaling receptor regulator activity / negative regulation of relaxation of cardiac muscle / negative regulation of heart contraction / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of cardiac muscle cell contraction / establishment of endothelial barrier / negative regulation of cAMP-mediated signaling / beta-2 adrenergic receptor binding / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / positive regulation of heart rate / heterocyclic compound binding / adrenergic receptor signaling pathway / voltage-gated calcium channel complex / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / cAMP catabolic process / calcium channel regulator activity / cAMP-mediated signaling / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / DARPP-32 events / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cAMP binding / cellular response to cAMP / cellular response to epinephrine stimulus / calcium channel complex / positive regulation of interleukin-2 production / regulation of heart rate / positive regulation of type II interferon production / ATPase binding / T cell receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / apical plasma membrane / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Phosphodiesterase 4 upstream conserved regions (UCR) / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4DE / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase 4D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Card, G.L. / Blasdel, L. / England, B.P. / Zhang, C. / Suzuki, Y. / Gillette, S. / Fong, D. / Ibrahim, P.N. / Artis, D.R. / Bollag, G. ...Card, G.L. / Blasdel, L. / England, B.P. / Zhang, C. / Suzuki, Y. / Gillette, S. / Fong, D. / Ibrahim, P.N. / Artis, D.R. / Bollag, G. / Milburn, M.V. / Kim, S.-H. / Schlessinger, J. / Zhang, K.Y.J.
引用ジャーナル: Nat.Biotechnol. / 年: 2005
タイトル: A family of phosphodiesterase inhibitors discovered by cocrystallography and scaffold-based drug design
著者: Card, G.L. / Blasdel, L. / England, B.P. / Zhang, C. / Suzuki, Y. / Gillette, S. / Fong, D. / Ibrahim, P.N. / Artis, D.R. / Bollag, G. / Milburn, M.V. / Kim, S.-H. / Schlessinger, J. / Zhang, K.Y.J.
履歴
登録2004年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN HOH 1003-1008 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN A. HOH 2003-2008 ARE ASSOCIATED WITH CHAIN B.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,69333
ポリマ－80,1932
非ポリマー2,50031
水9,728540
1
A: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,20516
ポリマ－40,0961
非ポリマー1,10915
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,48817
ポリマ－40,0961
非ポリマー1,39116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.804, 79.146, 164.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUVALVALAA87 - 29223 - 228
21GLUGLUVALVALBB87 - 29223 - 228
32VALVALILEILEAA297 - 410233 - 346
42VALVALILEILEBB297 - 410233 - 346
詳細The biological assembly is one monomer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D / DPDE3 / PDE43


分子量: 40096.355 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 4D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE4D / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Codon Plus(RIL)
参照: UniProt: Q08499, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 6種, 571分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-4DE / 1-(4-METHOXYPHENYL)-3,5-DIMETHYL-1H-PYRAZOLE-4-CARBOXYLIC ACID ETHYL ESTER / 1-(4-メトキシフェニル)-3,5-ジメチル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボン酸エチル


分子量: 274.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18N2O3
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] / Bis-tris propane


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG3350, ethylene glycol, isopropanol, glycerol and DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→81.65 Å / Num. all: 82929 / Num. obs: 82929 / % possible obs: 99.04 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 6353 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.25精密化
Blu-Iceデータ収集
ELVESデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.805 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18908 4382 5 %RANDOM
Rwork0.16525 ---
all0.16646 82929 --
obs0.16646 82929 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.031 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.06 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.088 Å0.092 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5276 0 159 540 5975
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9567480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.865311479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0925650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2853
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021033
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2330.25327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22608
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3270.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1140.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5721.53268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12425336
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03432277
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3754.52144
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4973 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.385
loose thermal1.510
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 308 -
Rwork0.311 6045 -
obs-6353 99.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67010.1925-0.29790.6421-0.00871.2764-0.06090.0434-0.0123-0.01340.01890.05370.1041-0.07190.0420.065-0.01690.00370.0240.00690.06133.455941.60115.3882
20.43710.0599-0.03140.7143-0.31021.29620.01160.0221-0.0445-0.0096-0.016-0.0668-0.02330.04850.00440.0056-0.00420.01760.0298-0.01220.054715.48943.164754.3542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA86 - 41122 - 347
2X-RAY DIFFRACTION2BB86 - 41122 - 347

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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