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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xz2 | ||||||
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タイトル | wild-type hemoglobin deoxy no-salt | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / hemoglobin (ヘモグロビン) / globin (グロビン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. / Hui, H.L. / Wierzba, A. / DeYoung, A. / Kwiatkowski, L.D. / Noble, R.W. / Juszczak, L.J. / Peterson, E.S. / Friedman, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Intersubunit interactions associated with tyr42alpha stabilize the quaternary-T tetramer but are not major quaternary constraints in deoxyhemoglobin 著者: Kavanaugh, J.S. / Rogers, P.H. / Arnone, A. / Hui, H.L. / Wierzba, A. / Deyoung, A. / Kwiatkowski, L.D. / Noble, R.W. / Juszczak, L.J. / Peterson, E.S. / Friedman, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xz2.cif.gz | 127 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xz2.ent.gz | 100.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xz2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/1xz2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/1xz2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | the crystallographic asymmetric unit in this entry is an alpha2beta2 tetramer. The biological unit is an alpha2beta2 tetramer. The cystallogrophic asymmetric unit and biological unit are equivalent |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood血液 / 参照: UniProt: P01922, UniProt: P69905*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: blood血液 / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG 1450, 10 mg/ml Hb, pH 7.0, batch, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年3月7日 / 詳細: graphite |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 44690 / Num. obs: 44690 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2.07 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 7546 / % possible all: 83.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1HBB 解像度: 1.9→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.663 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.046 Å / Total num. of bins used: 7 /
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