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- PDB-1xx0: Structure of the C-terminal PH domain of human pleckstrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xx0
タイトルStructure of the C-terminal PH domain of human pleckstrin
要素Pleckstrin
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / pleckstrin / PH / C-terminal (C末端) / pleckstrin homology
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / protein secretion by platelet / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell diameter / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of actin filament depolymerization / protein kinase C signaling / platelet degranulation ...positive regulation of inositol-polyphosphate 5-phosphatase activity / protein secretion by platelet / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell diameter / thrombin-activated receptor signaling pathway / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of actin filament depolymerization / protein kinase C signaling / platelet degranulation / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of actin filament bundle assembly / positive regulation of integrin activation / vesicle docking involved in exocytosis / cell projection organization / ruffle organization / positive regulation of platelet activation / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / cortical actin cytoskeleton organization / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein kinase C binding / integrin-mediated signaling pathway / 血小板 / ruffle membrane / Platelet degranulation / actin cytoskeleton organization / protein homodimerization activity / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. ...Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Edlich, C. / Stier, G. / Simon, B. / Sattler, M. / Muhle-Goll, C.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: Structure and phosphatidylinositol-(3,4)-bisphosphate binding of the C-terminal PH domain of human pleckstrin
著者: Edlich, C. / Stier, G. / Simon, B. / Sattler, M. / Muhle-Goll, C.
履歴
登録2004年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7961
ポリマ－14,7961
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin / / Platelet p47 protein


分子量: 14795.972 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal PH domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEK / プラスミド: pET9d_mod / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08567

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard heteronuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 0.5mM C-PH, U-15N,13C; 20mM sodium phosphate buffer pH 6.8, 100mM NaCl, 0.02% NaN3
溶媒系: 10% D2O, 90% H2O, 100% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, J.P., O'Donoghue S.I., Nilges M.構造決定
ARIA1.2Linge, J.P., O'Donoghue S.I., Nilges M.精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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