+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xme | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Recombinant Cytochrome ba3 Oxidase from Thermus thermophilus | ||||||
要素 | (Cytochrome c oxidase polypeptide ...) x 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cytochrome oxidase (シトクロムcオキシダーゼ) / heme (ヘム) / heme-as / integral membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / 酸化的リン酸化 / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / membrane => GO:0016020 / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hunsicker-Wang, L.M. / Pacoma, R.L. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: A novel cryoprotection scheme for enhancing the diffraction of crystals of recombinant cytochrome ba3 oxidase from Thermus thermophilus. 著者: Hunsicker-Wang, L.M. / Pacoma, R.L. / Chen, Y. / Fee, J.A. / Stout, C.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xme.cif.gz | 169.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1xme.ent.gz | 129.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xme | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 1ehkS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Cytochrome c oxidase polypeptide ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 63401.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: cbaA / プラスミド: PMK18 / 生物種 (発現宿主): Thermus thermophilus 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 参照: UniProt: Q56408, UniProt: Q5SJ79*PLUS, シトクロムcオキシダーゼ |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 18581.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: cbaB, ctaC / プラスミド: PMK18 / 生物種 (発現宿主): Thermus thermophilus 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 参照: UniProt: P98052, UniProt: Q5SJ80*PLUS, シトクロムcオキシダーゼ |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3769.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: cbaD / プラスミド: PMK18 / 生物種 (発現宿主): Thermus thermophilus 発現宿主: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 株 (発現宿主): HB8 / 参照: UniProt: P82543, シトクロムcオキシダーゼ |
-糖 , 1種, 1分子
#4: 糖 | ChemComp-BNG / |
---|
-非ポリマー , 6種, 80分子
#5: 化合物 | ChemComp-CU / |
---|---|
#6: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#7: 化合物 | ChemComp-HAS / |
#8: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#9: 化合物 | ChemComp-CUA / |
#10: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.247 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Peg 2000, Bis-tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月17日 |
放射 | モノクロメーター: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→21.5 Å / Num. all: 50966 / Num. obs: 49399 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1EHK 解像度: 2.3→21.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 3198776.56 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.4311 Å2 / ksol: 0.343902 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→21.42 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|