+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xeg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human carbonic anhydrase II complexed with an acetate ion | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase II | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / human carbonic anhydrase II (炭酸脱水酵素) / acetate ion complex (酢酸塩) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / 分泌 / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / 髄鞘 / extracellular exosome / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Mazumdar, P.A. / Kumaran, D. / Das, A.K. / Swaminathan, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: A novel acetate-bound complex of human carbonic anhydrase II. 著者: Mazumdar, P.A. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. / Das, A.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xeg.cif.gz | 68.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1xeg.ent.gz | 49.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xeg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xeg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/1xeg | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00918, 炭酸脱水酵素 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: peg, sodium acetate, tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月25日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 21002 / Num. obs: 21002 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Num. unique all: 1985 / % possible all: 95.6 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Missing residues are due to lack of electron density.
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.81→1.83 Å /
|