[日本語] English
万見
- PDB-1wy6: Crystal Structure of Hypothetical Protein [ST1625p] from Hyperthe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wy6
タイトルCrystal Structure of Hypothetical Protein [ST1625p] from Hyperthermophilic Archaeon Sulfolobus tokodaii
要素hypothetical protein ST1625仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / helical repeat protein
機能・相同性Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #350 / Protein of unknown function DUF1955 / Hypothetical protein ST1625 / Domain of unknown function (DUF1955) / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Tsuge, H. / Katunuma, N. / Kuramitsu, S. / Kawabata, T. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: The first crystal structure of an archaeal helical repeat protein.
著者: Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Tsuge, H. / Katunuma, N. / Kuramitsu, S. / Kawabata, T. / Ohshima, T.
履歴
登録2005年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2005年2月15日ID: 1VDU
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein ST1625


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4141
ポリマ－19,4141
非ポリマー00
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.370, 50.440, 82.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein ST1625 / 仮説


分子量: 19413.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gamiTM (DE3) / 参照: UniProt: Q970G9
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 20% PEG 8000, 100mM phosphate/citrate, 100mM NaCl, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月24日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→500 Å / Num. obs: 127292 / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 -
Rwork0.222 -
obs-127292
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 0 0 71 1325

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る